При всем том взаимоотношения филиппинской верхушки с американскими властями не всегда были гладкими. Многие мероприятия колонизаторов казались ей ненужными и даже вредными, особенно если они ослабляли традиционные связи. В таких случаях она нередко шла на прямой саботаж. Отдельные ее представители знали, сколь сильно в народе стремление к независимости, и учитывали его в своей деятельности. С этим приходилось считаться и колонизаторам. В 1934 г. Филиппинам была предоставлена автономия. По закону, принятому конгрессом США, страна должна была получить полную самостоятельность «4 июля, через десять лет после предоставления автономии», т. е. в день американской независимости. Специально созванная Конституционная ассамблея утвердила конституцию, списанную в основном с американской. Пост президента автономных Филиппин занял Мануэль Кэсон, пост вице-президента — Серхио Осменья.
Тем временем обстановка на Дальнем Востоке становилась все напряженнее. Надвигалась вторая мировая война. Филиппинцам (теперь их называли «маленькими коричневыми американцами») предстояло пройти через великие испытания. В США понимали, какую угрозу несет милитаристская Япония, и приняли меры (как показали дальнейшие события, совершенно недостаточные) для укрепления обороны архипелага. Начальник американского генерального штаба генерал Дуглас Макартур, сын участника и сам участник покорения островов, был назначен военным советником при филиппинском правительстве. До 1940 г. в его штабе работал майор Дуайт Эйзенхауэр, будущий президент США.
Дуглас Макартур сыграл совершенно особую роль в истории Филиппин. Он неплохо разбирался в положении в стране и в психологии народа. Генерал крестил сына Кэсона и, по местным представлениям, стал родственником президента, его кумом, тем самым вступив с ним в отношения утанг на лооб («внутреннего долга»). Он умело пользовался этим обстоятельством и приобрел огромное влияние на государственные дела. Кэсон дал ему титул фельдмаршала (до того не существовавший здесь) и даже придумал специальную форму. (В последние годы жизни Макартур носил фуражку от нее как символ тесных связей с Филиппинами.) Зная о склонности местных жителей конкретизировать абстрактные понятия и персонифицировать идеалы, Макартур своей политикой добился того, что его стали считать олицетворением Америки, подлинным «старшим братом». (Один филиппинский деятель так и сказал: «Для нас Макап-тур и есть Америка».)
Генерал снискал необычайную популярность, но к войне Филиппины были подготовлены далеко не удовлетворительно. К началу военных действий тут насчитывалось 100 тыс. кое-как обученных резервистов, 50 тыс. американских солдат и только 500 самолетов. Макартур разработал план, суть которого заключалась в том, чтобы отвести наличные войска на п-ов Батаан, замыкающий вход в Манильскую бухту, там дождаться прибытия американского флота из Пирл-Харбора и затем совместными усилиями уничтожить противника.
Начало войны спутало все карты. Потери, понесенные американским флотом в Пирл-Харборе, исключили всякую возможность помощи Филиппинам. Уже через несколько часов после нападения японцев их самолеты бомбили Манилу. Мануэль Кэсон сообщил, что страна вступает в войну на стороне США.
22 декабря 1941 г. 43 тыс. японских солдат высадились к северу от Манилы, через два дня еще 7 тыс. японских солдат — к югу от Манилы. Столица была объявлена открытым городом и вскоре оккупирована японцами. Макартур и филиппинское правительство перебрались на о-в Коррехидор, откуда подводная лодка позже доставила их в Австралию. Покидая Коррехидор, Макартур сделал заявление, в котором прозвучали слова, вскоре облетевшие все острова и воспринятые их жителями как обязательство: «Я вернусь».
Филиппинские и американские солдаты, отступившие в соответствии с планом военной кампании на Батаан и Коррехидор, продолжали сражаться. Изнуренные голодом и болезнями, они оказывали героическое сопротивление, но не могли противостоять натиску японцев. В апреле 1942 г. был сдан Батаан, а затем Коррехидор. В плен попали 76 тыс. человек. Без пищи и воды, под палящим тропическим солнцем шли они, подталкиваемые штыками, в концентрационные лагеря. Ослабевших приканчивали тут же. Этот переход назвали впоследствии «маршем смерти».
Падение Батаана и Коррехидора отнюдь не означало, что филиппинцы сложили оружие. В стране развернулось широкое партизанское движение. На Центральном Лусоне наиболее активными отрядами руководила коммунистическая партия, которая 23 марта 1942 г. создала Народную антияпонскую армию, или в тагальском сокращении —