Во время революции 1896 г. правительство повстанцев лишило монахов всякой власти, конфисковало их земли и одобрило идею образования национальной церкви, т. е. организации, в которой все — от служки до архиепископа — должны были быть филиппинцами. Ее основателем явился Грегорио Аглипай, капеллан революционной армии, высоко поднявшийся по ступеням церковной иерархии, но так и не получивший сана епископа из-за цвета кожи. Аглипай собрал в октябре 1899 г. представителей местного духовенства и провозгласил создание национальной церкви. Она признала власть Рима, но отказалась подчиняться испанскому архиепископу. Впрочем, она просуществовала только два месяца, а затем прекратила свою деятельность. Аглипай возглавил один из партизанских отрядов.
Вопрос о положении филиппинских священников с еще большей остротой встал после изгнания испанцев. В начальный период американского господства монахи потребовали возвращения своих владений и выплаты арендной платы за все годы революции. Американцы сразу почувствовали ненависть филиппинцев к монахам и рассудили, что удовлетворение этих требований может быть понято населением архипелага, мечтавшим освободиться от духовного диктата орденов, как возвращение власти Испании и неизбежно вызовет взрыв недовольства, прежде всего крестьян — бывших арендаторов монастырских земель.
Новые колонизаторы учитывали вместе с тем, что антимонашеские настроения не распространяются на всю католическую церковь, и полагали, что местные жители охотно примут американских священников и это укрепит влияние новой метрополии. В конце концов земельные владения орденов были выкуплены за 7 млн. долл, и потом попали в руки крупных латифундистов.
Ватикан, неизменно поддерживавший высшее духовенство, (направил на острова архиепископа из Америки, который, вопреки надеждам филиппинцев, тоже возражал против предоставления приходов местным священникам и против изгнания монахов. Обманутая в своих надеждах, часть филиппинского духовенства высказалась за создание независимой церкви, и она была провозглашена в августе 1902 г. Возглавил ее тот же Грегорио Аглипай. Известие о провозглашении Независимой филиппинской церкви было воспринято с огромным энтузиазмом. По некоторым данным, к 1907 г. она объединяла 3 млн. человек из 7 млн. населения страны. Успех этот объяснялся ее явной националистической окраской: принадлежать к церкви Аглипая означало быть патриотом. Кроме того, расхождения с католицизмом были не так уж велики, многое в ритуальной и обрядовой стороне сохранялось от ортодоксальной религии, что было весьма существенным для подавляющего большинства верующих, поскольку в теологические тонкости они не вдавались. Переход в новую церковь совершался безболезненно и не требовал отказа от привычного образа жизни: те же праздники, те же святые, те же процессии и нередко даже те же священники. Сторонники Аглипая просто занимали (иногда насильственно) церкви и кладбища и выдворяли оттуда приверженцев старого католицизма.
Некоторые изменения коснулись религиозной доктрины. По замыслу Аглипая, в нее предполагалось ввести рационалистические элементы и приблизить ее к науке. Новая церковь вобрала какую-то часть дохристианских верований, причислила к лику святых Хосе Рисаля и казненных испанцами священников — Гомеса, Бургоса, Самору — и отказалась от отдельных установлений католицизма, например от обета безбрачия духовенства. Это никого не шокировало, ибо филиппинцы никогда не разделяли официальной точки зрения по данному вопросу. Была отменена исповедь, к которой жители островов тоже не питали особой склонности. Богослужение шло на местных языках, тогда как католическая церковь ввела такую практику только после II Вселенского собора в Ватикане.
В 1906 г. на новую церковь обрушился серьезный удар. Верховный суд признал, что все ее имущество принадлежит католической церкви, и объявил захват его сторонниками Аглипая незаконным. Они были вынуждены вернуть культовые сооружения, кладбища и т. п. После этого численность Независимой филиппинской церкви резко пошла на убыль: верующие не желали расставаться со своими храмами и кладбищами, где были похоронены их предки.
Ныне эта церковь насчитывает 1410 тыс. последователей. Они неизменно подчеркивают, что являются католиками, только, по словам одного их священника, «не римскими, а филиппинскими». Он объяснял далее: «В Риме у нас нет