Этот эпизод, вероятно, положил конец боевому использованию Ju-86R во 2-й эскадрилье Aufkl.Gr. 123. Во всяком случае, нет никаких сведений об их дальнейшем полетах над Средиземноморьем.
Разведчики Ju-86P активно использовались и для разведки территории Советского Союза. Еще в начале 1941 г. 4-я эскадрилья Aufkl.Gr.Ob.d.L., в составе которой имелись пять высотных «Юнкерсов», выполняла такие полеты, взлетая с аэродромов Бухареста и Кракова. Советская противовоздушная оборона ничего не могла поделать с ними, т. к. не имела перехватчиков, способных подниматься на высоту их полета. Оставалось лишь бессильно наблюдать за безмятежно плывущими высоко в небе разведчиками и надеяться на некое благоприятное стечение обстоятельств. И вот 15 апреля судьба все же сделала подарок…
В тот день с аэродрома Краков взлетел Ju-86R имевший гражданский бортовой код «D-APEW». Его экипаж — пилот унтер-офицер Шнец (Schnetz) и штурман унтер-офицер Вальтер (Walther) — имел задание провести аэрофотосъемку объектов в районе украинского
города Житомир. Все шло как обычно. Набрав высоту, разведчик пересек советскую границу и спокойно направился на восток, к своей цели. Однако затем правый двигатель «Юнкерса» неожиданно отказал. Самолет больше не мог держаться на большой высоте, и Шнец был вынужден снизиться. Надо было срочно возвращаться обратно.
Тем временем в воздух по тревоге поднялись советские истребители, которые перехватили немецкий разведчик в районе Ровно. Теперь он летел на доступной для них высоте, и они атаковали его. Советские пилоты вывели из строя левый — единственный рабочий — двигатель «Юнкерса». Шнец совершил вынужденную посадку «на брюхо», и оба летчика выбрались из самолета. На случай подобных ситуаций на каждом Ju-86P имелись заряды взрывчатки для уничтожения секретного оборудования гермокабины и фотокамер, и перед тем как покинуть кабину, Вальтер включил их часовые механизмы. Вскоре появились сотрудники НКВД, которые арестовали немцев и сразу же увезли с места посадки. Поэтому затем ни Шнец, ни Вальтер не могли четко утверждать, произошло ли самоуничтожение самолета.
После первого беглого допроса обоих летчиков перевезли в Ровно, где в местном управлении НКВД стали «работать» с ними более обстоятельно. Первоначально немцы придерживались заранее составленной легенды — они курсанты школы летчиков-испытателей (Versuchsfliegerschule) в Кракове и оказались в советском воздушном пространстве случайно, из-за неисправности приборов. Однако затем Шнец и Вальтер неожиданно поняли, что допрашивавшие их сотрудники НКВД считают, что они летели на Ju-88 и что, помимо них, на борту были еще люди, поскольку экипаж этого самолета действительно состоял из четырех человек. И это, кстати, подтверждает, что механизмы самоуничтожения разведчика все же сработали. В итоге летчики немного изменили показания и заявили, что у них в самолете были еще двое — русский и украинец, которые ранее выпрыгнули на парашютах. При этом Шнец утверждал, что один из них — русский — якобы даже прошел обучение в школе слепых полетов в Кракове.
Оба немца пробыли в тюрьме в Ровно вплоть до нападения Германии на Советский Союз. Их должны были перевезти в другую тюрьму в глубине страны, но из-за общего беспорядка, возникшего в ходе быстрого отступления советских войск, охрана попросту бросила их. Оставшись без присмотра, Шнец и Вальтер уже вскоре встретились с одной из наступающих пехотных частей Вермахта. Они вернулись в свою эскадрилью и затем в Варшаве имели беседу с командиром группы оберст-лейтенантом Ровелем, пожелавшим лично узнать подробности их пребывания в СССР.
Вскоре после начала войны на Восточном фронте 4-я эскадрилья Aufkl.Gr.Ob.d.L. была отозвана в Германию и вернулась на аэродром Рангсдорф, расположенный в 20 км южнее Берлина. Снова высотные Ju-86P/R появились над советской территорией лишь год спустя.
6 июня 1942 г. Люфтваффе совершили последний налет на Москву. В течение почти целого года немцы успешно бомбили советскую столицу, разрушив десятки предприятий и сотни жилых домов. Это заставило советское руководство постоянно усиливать противовоздушную оборону города. При этом с интересами других городов и даже фронта не считались. К лету 1942 г. Москву защищали уже полторы тысячи зениток, почти столько же аэростатов заграждения и 1200 прожекторов! В составе 6-го истребительного авиакорпуса ПВО насчитывалось 23 истребительных авиаполка (ПАП).[81] В то же время еще в 1941 г. из столицы были эвакуированы практически все крупные предприятия. Все это вынудило командование Люфтваффе отказаться от налетов на Москву, отдав предпочтение более уязвимым целям.