Главное, конечно, было в другом. За пять лет депутаты накопили немалый опыт законотворческой деятельности, отчасти компенсировали дефицит профессиональных навыков, отсутствие отлаженного механизма обсуждения законопроектов. Проблем было великое множество. Например, большая часть народных избранников участвовали в работе сразу нескольких комиссий (в среднем – двух). В ноябре 1907 года октябрист Г. Г. Лерхе на заседании фракции сообщил, что 59 октябристов не попали ни в одну комиссию, 54 состояли в одной, 32 – в двух, 14 – в трех, 2 – в четырех, 1 – в пяти. Бюро фракции высказалось за то, чтобы депутат участвовал в работе двух «главных» комиссий и одной «второстепенной» (редакционной, библиотечной или по запросам). «Странное дело, – отмечал октябрист Клюжев, – всем хочется попасть в ту или другую комиссию, а как попадут, сейчас же манкируют своими обязанностями».
По оценке Н. А. Хомякова, в Третьей Думе треть членов бюджетной комиссии не являлась на ее заседания, а треть приходила от случая к случаю. Причем это касалось самых активных депутатов. К февралю 1908 года из восьми заседаний комиссии о неприкосновенности личности В. А. Маклаков присутствовал на трех, М. С. Аджемов и Ш. Ш. Сыртланов – на двух, О. Я. Пергамент – на одном. Это объяснялось прежде всего тем, что заседания комиссий проходили в одни и те же часы. Депутатам, входившим сразу в несколько комиссий, приходилось пропускать заседания, а те, в свою очередь, могли не состояться по причине отсутствия кворума. Дабы избежать этой проблемы, всех расписавшихся в явочном листе полагали присутствовавшими. И все же к моменту голосования кворума чаще всего не было. Депутаты бегали по соседним комнатам в поисках своих «заблудших» коллег.
Правда, не всегда эти ухищрения приносили результат. Иногда приходилось отменять заседания из‐за отсутствия кворума. Причины могли быть самые разные. Например, в 1908 году были отменены заседания земельной комиссии в связи с именинами председательствовавшего. 24 ноября 1911 года многие депутаты не пришли на заседание комиссий: это был день святой Екатерины. «Далеко не все готовы променять именины на думские дела», – записала в дневнике жена И. С. Клюжева. 8 мая 1912 года тот же Клюжев упрашивал своих нерадивых коллег явиться на вечернее заседание комиссии по народному образованию. У всех была серьезная причина отсутствовать: епископ Митрофан должен был проводить церковную службу. Г. Х. Еникеев ссылался на то, что обсуждавшийся законопроект его не устраивал, так как ущемлял права национальных меньшинств. Об этом же говорили и польские депутаты. Надежда была на А. М. Масленникова, который вроде обещал прийти. Однако его знакомые не были столь наивны: «Он не сдержит своего обещания по присущей ему лени». Октябрист Д. А. Леонов говорил об усталости, кадет М. С. Воронков – о неприятии законопроекта. У октябриста И. В. Годнева не хватало времени: он рассчитывал в скором времени вернуться домой, и ему надо было срочно укладывать багаж. Оставалось лишь возмущаться: «Одни, как Годнев, укладываются, другие проводят вечера в клубе за карточной игрой и многие, как говорят, очень проигрались, третьи уехали в отпуск, четвертые улаживают свои делишки. Все, кто не рассчитывают попасть в следующую Думу, запасаются себе протекцией для получения тепленького местечка. Да и те, кто думает пройти на предстоящих выборах, все-таки на всякий случай заботятся об этом же».
Комиссии работали с разной степенью эффективности. Бюджетная комиссия за годы работы Третьей Думы внесла 514 докладов на рассмотрение депутатов, дала заключение по 1222 законопроектам. Лишь 23 законодательные инициативы остались без рассмотрения (меньше 2 %). Сельскохозяйственная комиссия подготовила 48 докладов, так и не рассмотрев двух законопроектов (4 %). Комиссия по государственной обороне за время работы Третьей Думы внесла 422 доклада. 18 законодательных инициатив она рассмотреть не успела (то есть более 4 %). Комиссия по народному образованию за те же пять лет составила 313 докладов, не рассмотрев 16 законопроектов (4,6 %). Вместе с тем финансовая комиссия внесла на обсуждение 307 докладов, не изучив 47 законопроектов (около 14 %). Комиссия по судебным реформам подготовила 116 докладов, не справившись с 20 законопроектами (более 14 %). Комиссия по местному самоуправлению внесла 20 докладов, оставив без внимания 7 законопроектов (около 26 %). Земельная комиссия подготовила 21 доклад, 13 законопроектов (более 38 %) остались нерассмотренными.