Еще 15 января Френкель писал в ЦК РКП: «Предстоит очень большая и сложная работа по уничтожению… кулацкого казачества как сословия, составляющего ядро контрреволюции». Свердлов дал указание никакой местной власти на Дону не допускать, «руководство должно пока остаться за Реввоенсоветом фронта». Инструкция Реввоенсовета «О борьбе с контрреволюцией на Дону» рекомендует: «…обнаруживать и немедленно расстреливать: а) всех без исключения, занимавших служебные должности <…>, е) всех без исключения богатых казаков <…>, и лица и целые группы казачества, которые активного в борьбе с советской властью участия не принимали, но которые внушают большие опасения, подлежат усиленному надзору и, в случае необходимости, аресту» (подписи: Реввоенсовет Южфронта И. Ходорковский, В. Гиттис, А. Колегаев, управделами В. Плятт). В другой раз Реввоенсовет пишет: «Необходимы концентрационные лагеря с полным изъятием казачьего элемента из пределов Донской области». Донбюро предписывало: «1. Во всех станицах, хуторах немедленно арестовывать всех видных представителей данной станицы <…>, хотя и не замеченных в контрреволюционных действиях, и отправлять как заложников в районный революционный трибунал (уличенные, согласно Директиве ЦК, должны быть расстреляны). 2. <…>В случае обнаружения у кого-либо оружия будет расстрелян не только владелец оружия, но и члены его семьи».
Инструкции воплощались в жизнь. Из письма в казачий отдел ВЦИК: «Трибунал разбирал дел по 50 в день. Смертные приговоры сыпались пачками, часто расстреливались люди совершенно невинные, старики, старухи и дети. Расстрелы производились часто днем, на глазах у всей станицы, по 30–40 человек сразу». Из письма Шолохова Горькому: «…бессудный расстрел в Мигулинской станице 62 казаков-стариков или расстрелы в Казанской и Шумилинской <…> в течение 6 дней число расстрелянных достигло <…> 400 с лишним человек». Военком Особого экспедиционного корпуса В. А. Трифонов (уже в июле, после начала восстания): «…в Вешенском районе были расстреляны 600 человек <…> в помещении Морозовского ревкома были обнаружены 65 изуродованных казачьих трупов». Командированный из Москвы пишет: «Расстреливались безграмотные старики и старухи, которые едва волочили ноги, урядники, не говоря уже об офицерах. В день расстреливали по 60–80 человек. Принцип был такой: чем больше вырежем, тем скорее утвердится советская власть на Дону <…>. Во главе продовольственного отряда стоял некто Гольдин. Его взгляд на казачество был таков: казаки — его враги, нагаечники, зажиточные, а посему до тех пор, пока казаков не вырежем и не заселим пришлым элементом Донскую область, до тех пор советской власти не будет». Обнаружены постановления трибуналов о расстрелах: в станице Казанской — 87 казаков, Мигулинской — 64, Вешенской — 46, Еланской — 12.
Результатом было вешенское, или верхнедонское, восстание в марте 1919 года. Восставшими была проведена мобилизация мужчин от 19 до 45 лет и создана армия в 30 тысяч штыков. Из воззвания восставших: «Восстание поднято не против Советов или Советской России, а только против партии коммунистов». Реакция коммунистических властей была такой: «Все казаки, поднявшие оружие в тылу красных войск, должны быть поголовно уничтожены, уничтожены должны быть и все те, кто имеет какое-либо отношение к восстанию и противосоветской агитации, не останавливаясь перед процентным уничтожением населения станиц, сжечь хутора и станицы, поднявшие оружие против нас в тылу» (из Директивы Реввоенсовета 8-й армии; подписи: Якир, Вестник). Другие директивы: массовое взятие заложников, примерное проведение карательных мер и т. д.
В апреле Донбюро писало: «Существование донского казачества <…> стоит перед пролетарской властью угрозой контрреволюционных выступлений <…>. Все это ставит насущной задачей вопрос о полном, быстром и решительном уничтожении казачества как особой бытовой экономической группы».
Такая политика, конечно, только усиливала сопротивление казачества. К нему присоединились крестьяне Воронежской губернии и некоторые части Красной Армии. Восставшие распространяли Директиву Оргбюро как свои агитационные материалы. Были и среди большевистского руководства голоса, указывавшие на эту связь. Но они плохо воспринимались. Еще 20 апреля Ленин писал Сокольникову: «Верх безобразия, что подавление восстания казаков затянулось». Он же ему 24 апреля: «Я боюсь, что Вы ошибаетесь, не применяя строгость, но если Вы абсолютно уверены, что нет силы для свирепой и беспощадной расправы, то телеграфируйте немедленно и подробно». Но 5 мая опять Сокольникову: «Промедление с подавлением восстания прямо-таки возмутительно <…>, необходимо <…> вырвать с корнем медлительность. Не послать ли еще добавочные силы чекистов?» 15 мая — Троцкому: «Очень рад энергичным мерам подавления восстания». Но было уже поздно. Восстание разлилось так широко, что разгромило весь тыл Южного фронта Красной Армии, и уже в мае Добровольческая армия прорвала фронт.