На идейное содержание проектов российских университетских реформ начала XIX в. значительно повлиял кризис, охвативший все университетское пространство Европы на рубеже XVIII–XIX вв. В Германии он привел к крушению большинства средневековых корпораций, среди которых жизнеспособность и притягательную силу сохранили лишь «модернизированные» университеты, и в первую очередь Гёттингенский. Параллельно во Франции образовалась новая система высших специальных образовательных учреждений, организация которых отрицала все прежние принципы устройства университетов (в том числе автономию, привилегии, общий характер образования, иерархию факультетов и т. д.). При наличии нескольких конкурирующих моделей высшего образования деятели народного просвещения в России не смогли сделать определенный выбор в пользу одной из них, но хотели комбинировать их различные части. Именно поэтому, как показал подробный анализ складывания российской университетской реформы в 1802–1804 гг., она была сформирована из противоречивых исходных элементов, которые апеллировали к разнонаправленным, зачастую противоположным друг другу принципам. В частности, на основании новых источников было впервые показано, что одна из главных, традиционно признаваемых за этой реформой заслуг – закрепление корпоративной автономии университетов – появилась в результате сложной борьбы, в ходе которой тяжесть принятия решений была перенесена из только что созданного министерства народного просвещения в узкий кружок молодых друзей императора, и ведущую роль в документальном оформлении принципов автономии сыграл получивший большое влияние на императора Александра I профессор Дерптского университета Г. Ф. Паррот. Тем самым, в законопроекты университетской реформы начала XIX в. вошли черты как старых «доклассических» корпораций, так и «модернизированного» немецкого университета, и даже ориентированной на специальное обучение французской системы высших школ. В дальнейшем же такое смешение препятствовало усвоению в российских университетах принципов новой, «классической» эпохи.
Данные принципы ярко воплотились в Германии с открытием в 1810 г. Берлинского университета. Это событие оказалось немедленно воспринято в России теми деятелями, которые желали проведения новых реформ, сближавших организацию российских университетов с немецкими «классическими». Уже в конце 1810-х гг. при основании нового университета в Петербурге С. С. Уваровым был выдвинут проект переустройства внутренней университетской структуры и управления, опиравшийся на образец из Берлина. Создавая свой проект, Уваров попытался вложить туда несколько ключевых принципов, характерных для устройства «классического» университета, а также зафиксировать гуманистическое понимание «обучения наукой» (Bildung durch Wissenschaft), родственное идеям великого немецкого реформатора В. фон Гумбольдта, с которым Уваров был близко знаком. Однако все эти попытки встретили резкое противодействие со стороны членов министерства, возглавляемого князем А. Н. Голицыным. В итоге лишь на следующем этапе реформ, когда министром стал уже сам Уваров, новый университетский Устав 1835 г. смог освободиться от пережитков корпоративной автономии, ставя главной задачей повысить уровень развития университетской науки и преподавания. Автономия университета в духе В. фон Гумбольдта понималась в нем именно в отношении науки, а такие черты, как создание единого для гуманитарных и естественных наук философского факультета, демонстрировали непосредственное влияние структуры Берлинского университета.
Созданный Уваровым отечественный тип университета был приспособлен к условиям России и в то же время отвечал определению Гумбольдта быть «вершиной, к которой сходятся все умственные и нравственные усилия нации». В то же время несомненной особенностью России по сравнению с Германией была возможность гораздо более глубокого вмешательства министерства народного просвещения (через попечителей или непосредственно) в развитие университетов. В 1810—20-е гг. это привело к свертыванию политики повышения преподавательского и научного уровня в сторону реакции, к «отторжению» немецких университетов, продиктованному страхом перед революционными событиями в Европе (что затем повторилось в 1848–1855 гг.). Тем не менее и во второй четверти XIX в., и в конце 1850-х гг. Россия должна была вернуться к политике активного взаимодействия с западным ученым миром. Новый этап восприятия здесь «гумбольдтовской модели классического университета» соотносился уже с эпохой Великих Реформ, в ходе которой «университетский вопрос» вновь занял первостепенное место для развития российского общества и государства.