Высшим органом корпорации становилась университетская Конференция, состоявшая из ординарных профессоров. Звание Rector Magnificentissimus по предложению профессоров, как и в немецких княжествах, возлагалось на наследника престола (тем более, что великий князь Павел Петрович, как герцог Голштинский, уже принял этот титул от Кильского университета). Поэтому председательствовал в Конференции выбираемый ежегодно проректор.[675] Конференция сама контролировала бюджет («следила, чтобы экономия порядочно была управляема»), вела переписку с другими присутственными местами, коллегиями и иностранными университетами. Но, главное, именно Конференция реализовывала основное корпоративное право – самостоятельно принимать и увольнять профессоров, «потому что она заслуженных мужей в ученой республике легко может знать, и ложными ободрениями не так легко обманута быть может».[676] При приглашении иностранных профессоров московские ученые полагали «писать к чужестранным университетам и от оных требовать способных людей», доверяя их рекомендациям. Для русских же кандидатов в профессора была предусмотрена вступительная лекция (курсория) и «диспут для получения места»[677].
Конференция также управляла университетской гимназией, принимала учителей, студентов на казенное содержание и т. д. Для текущего заведования университетскими финансами Конференцией назначался один из профессоров на должность «инспектора экономии». Много места в проекте уделено обоснованию прав профессоров на «достойное жалование» (в том числе указывалась и нехватка приватных занятий). Оно исчислялось ими в 1000 руб. в год, не считая надбавок за исполнение дополнительных должностей. Общая сумма, в которую Московский университет должен был обойтись казне, составляла в таком случае 54800 руб. При этом профессора требовали дополнительных финансовых прав: принимать пожертвования на «вольное употребление», т. е. не давая о них отчета, и приобретать недвижимое имущество, а именно деревни вместе с крепостными (как и предлагал Миллер). Четыре параграфа из 49, насчитывавшихся в Уставе, были посвящены покупке и управлению деревнями, что показывает их значимость с точки зрения профессоров для укрепления автономии. Важна здесь ссылка на опыт немецких университетов, где «доходы с деревень гораздо бывают непременнее, нежели наличные деньги», кроме того, на их землях можно строить бумажные мельницы и проводить иные «опыты в мануфактурных делах» и т. д. Профессора настаивали, что именно Конференция должна распоряжаться всеми доходами от деревень, ибо управление ими со стороны чиновников университетской канцелярии не принесет должной пользы, а если его все-таки захотят передать в канцелярию, то тогда уж лучше выплачивать университету полное содержание деньгами[678].
Что касается факультетской организации университета, то в Уставе обосновывалась необходимость открытия в Москве всех четырех факультетов, где на высших должно быть по три ординарных профессора, а на философском – семь и, кроме того, еще до пяти экстраординарных профессоров и лекторы языков. Такое расширение философского факультета, игравшего роль подготовительного к трем высшим, было связано с тем, что в него фактически включалось «камеральное отделение», где преподавались науки, относящиеся к государственному хозяйству и управлению (коммерческие, горные, мануфактурных дел и пр.) За этим отделением был закреплен свой набор казеннокоштных студентов. Общий подготовительный курс философского факультета для всех студентов продолжался не менее года, после чего студенты переходили на высшие факультеты (где учились по 4 года) или камеральное отделение (3 года), причем последующие переходы с факультета на факультет запрещались. Порядок лекций назначал для каждого студента проректор по их «способности и знанию»; предусматривалась процедура имматрикуляции и присяги студентов на университетских законах. Казеннокоштным студентам запрещалось увольняться из университета до окончания полного срока учебы (что, в том числе, должно было воспрепятствовать и периодическим изъятиям студентов из Московского университета для нужд различных коллегий, практиковавшимся в 1760-е гг.). Общее количество мест казенных студентов значительно увеличивалось: 132 на философском факультете, из них 30 – в камеральном отделении; 32 – на медицинском, 64 – на юридическом, на богословском же их количество точно не оговаривалось. В качестве награждения студентов предусматривалось вручение золотых и серебряных медалей, а для лучших – путешествие в «чужие край»[679].