В то время как меньшевистское большинство Томского комитета возилось с нелепой затеей выборов «революционного самоуправления», томские большевики под руководством С. М. Кирова, не теряя времени, укрепляли боевую дружину, запасались оружием и вооружали рабочих. Вскоре после захвата меньшевиками томской организации С. М. Киров, ставший уже партийным профессионалом, переносит центр тяжести своей пропагандистской работы из интеллигентского Томска на станцию Тайга, где организует крепкую большевистскую группу среди рабочих местного железнодорожного депо. Таким образом, в противовес томскому засилью меньшевиков под боком у Томского комитета создается большевистский центр местной работы.
На станции Тайга Сергей Миронович начал работу в середине июня 1905 года. На открытии памятника Кононову он познакомился с делегацией тайгинских рабочих. Один из тайгинских делегатов обратился тогда к комитету с просьбой послать людей к ним в Тайгу для организации массовок. За это дело взялся Киров, который привлек для работы еще двух большевиков, Попова и Писарева, и энергично принялся за организацию большевистской группы в Тайге. Эта группа состояла почти исключительно из рабочих депо, руководила в октябре всеобщей забастовкой, проводила конфискацию оружия у железнодорожных жандармов и управляла в октябрьские дни движением пассажирских и товарных поездов.
Надо еще сказать, что влияние томских меньшевиков даже и в тот период, когда они имели большинство в комитете, не выходило за пределы самого Томска. Почти вся периферия Томского комитета находилась в руках большевиков. Кроме тайгинской группы большевистскими были социал-демократические организации Новониколаевска (Новосибирск), Барнаула. Делегаты этих организаций участвовали на Западносибирской конференции большевиков.
Да и в самом Томске положение меньшевиков было настолько непрочным, что стоило оттуда уехать в конце 1905 года таким видным лидерам меньшевизма, как B. А. Гутовский и А. Ф. Сухоруков, и руководство в комитете вновь перешло в руки большевиков. В мае 1906 года томские большевики под руководством и по инициативе C. М. Кирова организовали большую и прекрасно оборудованную подпольную типографию.
План Кирова заключался в том, чтобы под домом вырыть подземелье в двадцать метров длины, шесть метров ширины и пять глубины, оборудовать надлежащим образом это «подполье» и поместить в нем типографию. Намеченные Кировым большие земляные работы были выполнены и «подполье» приготовлено для установки в нем большой типографии Сибирского союза и Томского комитета. Киров должен был уже поехать в Петербург за оборудованием для типографии, но жандармы дознались, что Томский комитет вновь хочет обзавестись типографией, и накануне отъезда Кирова в Петербург арестовали его вместе с другими участниками этого предприятия. 16 февраля 1907 года Киров был приговорен томским окружным судом как член Томского комитета РСДРП к заключению в крепости на три года.
На смену Кирову в апреле 1907 года в Томский комитет вошел другой выдающийся большевик Сибирского союза — В. В. Куйбышев, воспитанник Омского комитета партии.
Первое заключение Кирову пришлось отбыть полностью в томской тюрьме, так как организовать побег не удалось. Киров вышел из тюрьмы только в июне 1908 года, отбыв 1 год 11 месяцев в крепости (как несовершеннолетнему срок заключения Кирову был сокращен). Он не терял даром время в тюрьме, употребив его на учебу. Отбывая заключение в крепости, Киров жадно поглощал книги, готовя себя для будущей большой революционной работы. Он вышел из тюрьмы образованным марксистом-ленинцем.
Едва оказавшись на воле, Киров снова ринулся на работу в подполье. На этот раз он не мог уже оставаться в Томске, где за ним следила полиция. После выхода из тюрьмы Сергей Миронович переезжает в Иркутск, где восстанавливает разбитую арестами местную социал-демократическую организацию и ведет борьбу с меньшевиками.
В мае 1909 года ему пришлось покинуть Сибирь в связи с тем, что томские жандармы, случайно открыв организованную Кировым в 1906 году нелегальную типографию Томского комитета, бросились на поиски организаторов этой типографии — Сергея Кострикова и его товарищей. С. М. Киров поспешил после этого скрыться и перебрался на партийную работу во Владикавказ. На этом не порывается, однако, у Кирова связь с Сибирью. Томские жандармы настойчиво продолжают поиски организатора подпольной типографии. После двух лет розысков им удается напасть на след С. М. Кирова во Владикавказе, и в августе 1911 года он был вновь арестован по делу томской типографии и отправлен этапным порядком в Томск.
Сергею Мироновичу снова пришлось оказаться узником томского исправительного арестантского отделения № 1, но на этот раз он скоро отделался от тюрьмы. Томские жандармы не сумели на суде доказать виновность Кирова, и он был оправдан «за отсутствием улик». С. М. Киров после суда вернулся снова во Владикавказ, где и застала его Февральская революция.