Вторжение чужеземных полчищ и не прекращающаяся междоусобная борьба итальянских государств никак не сказались на юноше Рафаэле. Но самые первые его шаги вызывают определённые трудности с атрибуцией и датировкой работ. Немаловажен вопрос о школе, которую прошёл начинающий художник. Здесь уместно внести некоторые принципиальные уточнения и поспорить с самим Вазари, который утверждает, что первым и единственным учителем Рафаэля был Пьетро Ваннуччи по прозвищу Перуджино (около 1445 — 1523), прошедший, как и Леонардо да Винчи, школу флорентийца Верроккьо. Это мнение Вазари прочно утвердилось в литературе и считается бесспорным, что привело к определённой путанице. Вся беда в том, что знаменитый биограф не работал с архивами, а пользовался в основном многочисленными источниками, которые ныне утрачены, или устными свидетельствами и догадками современников.
Вазари пишет, что Перуджино в те годы, когда Рафаэль делал первые шаги, находился на пике славы. Его искусство было всюду востребовано. Знаменитый мастер был вечно в разъездах, не имея ни постоянного местожительства, ни постоянной мастерской. Но сколь бы ни был велик авторитет биографа, невозможно согласиться с его категоричным утверждением, что Рафаэль попал на обучение к Перуджино мальчиком в возрасте восьми-десяти лет. В своё время в том же возрасте Перуджино покинул родной умбрийский городок Читта делла Пьеве и оказался в школе Верроккьо во Флоренции, где обучался бок о бок с Леонардо да Винчи. Но прежде чем к нему пришла широкая известность, он познал нужду и лишения. Вазари красочно повествует, как будущему мастеру, жившему впроголодь и ходившему чуть ли не в отрепьях, часто приходилось словно бездомному бродяге устраиваться на ночлег в телеге или в ящике на городском рынке. Лишения закалили Перуджино, сказавшись и на его грубоватом характере.
Как не бесспорно мнение Вазари, разделяемое многими исследователями, неопровержимым фактом является то, что юный Рафаэль повстречался с Перуджино, уже будучи вполне сложившимся художником с собственным видением мира и неукротимым желанием постоянно совершенствовать мастерство, не гнушаясь брать и переосмысливать всё лучшее, достигнутое к тому времени другими. Уж если говорить об «ученичестве», то уместно прежде всего вспомнить об отце Рафаэля, сыгравшем первостепенную роль в становлении сына как художника.
Настал день, когда Джованни Санти понял, что не может дать больше того, что было вложено им в подрастающего Рафаэля. Отец видел, как сын схватывает всё новое на лету и уже не довольствуется достигнутым. Набиравшему силу и страстно влюблённому в искусство подростку требовалось нечто большее. Нужен был более сильный и знающий наставник. В своей стихотворной хронике он на первое место среди известных мастеров поставил рядом Леонардо и Перуджино:
Перуджино успел поработать в Риме, где его выделил папа Сикст IV, поручив ему руководство группой флорентийских и умбрийских художников, расписывавших фресками стены построенной им Сикстинской капеллы. Среди них были Боттичелли, Гирландайо, Пинтуриккьо, Росселли, Синьорелли и другие мастера. Бесспорным шедевром Перуджино является фреска «Вручение ключей». На ней изображена широкая городская площадь, заполненная множеством людей, с возвышающимся храмом Соломона, а по бокам триумфальные римские арки Тита и Константина. На переднем плане Христос вручает ключи коленопреклонённому Петру. Картина залита ярким светом, обволакивающим фигуры главных персонажей, и среди них узнаваем сам Перуджино. Глядя на его волевое лицо, становится понятно, почему Сикст IV остановил свой выбор именно на нём, а не на задумчивом поэтичном Боттичелли или на грубоватом увальне Гирландайо. Склонность Перуджино к диктату и навязыванию своей воли с годами стала проявляться сильнее, а работа в Сикстинской капелле принесла ему громкую славу.