В 1485 году за заслуги в искусстве он был избран почётным гражданином Перуджи. Через его мастерскую прошло немало учеников, чьи имена известны, так как на их количество устанавливались квоты, выдаваемые влиятельным Цехом живописцев. Во избежание неприятностей хозяева мастерских строго придерживались правил. Архивы сохранили почти все имена учеников мастерской Перуджино: Эузебио из Сан-Джорджо, Бартоломео ди Джованни, Джакомо из Перуджи, Джованни Чамбелла и самый верный ученик и последователь Джованни ди Пьетро по прозвищу Спанья. Не исключено, что Санти, обладавший определённым весом в руководстве Цеха, сумел заполучить такую квоту для малолетнего сына. Однако ни в одном архивном документе не говорится ни слова о пребывании мальчика Рафаэля в мастерской Перуджино. Да и как он мог там оказаться? Ведь после смерти отца одиннадцатилетний Рафаэль из-за судебной тяжбы, затеянной мачехой, был вынужден присутствовать на каждом судебном заседании вплоть до 13 мая 1500 года, пока не покинул Урбино в поисках работы.
Приведём один из последних примеров ошибок, которые допускаются некоторыми авторами, пишущими о Рафаэле. На состоявшейся в Урбино в апреле-июле 2009 года выставке, посвящённой раннему периоду творчества художника, была показана небольшая работа на доске. Это так называемая
Заказ на его написание именитый мастер получил в 1488 году, а завершил работу лишь в 1497-м. У Перуджино был непростой характер, но Вазари, который не мог его знать лично, настаивает на обратном. Известно, что у мастера нередко возникали трудности с помощниками и трения с заказчиками, чем, возможно, и объясняется почти десятилетняя задержка с завершением работы над упомянутым алтарным образом. Говорят, из-за отказа заказчика увеличить гонорар разгневанный мастер бросил начатую работу и уехал. В 1490 году в Фано побывал Джованни Санти, приступивший к написанию в левом приделе той же церкви Санта-Мария Нуова алтарной картины «Сретение», в которой сильно влияние его прославленного друга. Однако нет никаких сведений, что он побывал там с семилетним Рафаэлем, хотя известно, что ему не раз приходилось брать подросшего сына с собой, чтобы не оставлять его дома одного с мачехой.
Следует также иметь в виду, что в указанный временной отрезок, помимо Фано, Перуджино побывал в Сиене, Флоренции, Лукке и Кремоне, где его ждали новые заказы. Он редко отказывал заказчикам, сколь бы ни был перегружен делами, проявляя завидную всеядность и работоспособность. С годами его мастерская стала напоминать фабрику по изготовлению картин, по поводу которых исследователи до сих пор ломают голову над их атрибуцией. Будучи в летах, Перуджино 1 сентября 1493 года между делом выгодно женился на юной Кларе, дочери архитектора Луки Фанчелли, работавшего на мантуанское семейство Гонзага. О женитьбе имеется упоминание на одной из его картин в церкви Сан-Доменико во Фьезоле под Флоренцией, где прошло венчание и была отпразднована свадьба. Вскоре он отправил в Фано одного из помощников, дабы успокоить заказчика, выдавшего ранее аванс, и завершить работу. Но вряд ли им мог быть четырнадцатилетний Рафаэль — в таком возрасте подмастерьями не становятся.
На упомянутой доске алтарного образа, показанного на выставке в 2009 году в Урбино, одна из женских фигур с новорождённой на коленях изображена в профиль, как и на фреске «Мадонна с Младенцем», написанной отроком Рафаэлем в родительском доме. Именно это удивительное стилистическое сходство сподвигло некоторых исследователей и организаторов выставки представить «Рождение Девы Марии» как работу Рафаэля. Но остаётся загадкой, как мальчик-сирота мог оказаться в Фано? Ведь ни в одном архивном документе нет упоминания о посещении им этого городка на Адриатике, до которого от Урбино более 50 километров по дорогам, где рыскали отряды бандитов Цезаря Борджиа. Поэтому речь может идти только о предположении, хотя многое указывает на то, что каким-то совершенно неведомым образом пути юного Рафаэля пересеклись тогда с Перуджино, но никак уж не в детском возрасте, и вопрос так и остаётся без ответа.
Когда в апреле 1501 года Рафаэль впервые робко переступил порог мастерской Перуджино, которая временно располагалась тогда почти в самом центре Перуджи на улице Делициоза, мастера он не застал. Его неприветливо встретил прыщеватый Бартоломео ди Джованни, узревший в посетителе с папкой под мышкой возможного соперника. В отсутствие хозяина, который часто наведывался к жене и сыну во Флоренцию, всеми делами ведал этот завистливый подмастерье. Разговора с ним не получилось, и Рафаэль собрался было уходить, как вдруг на пороге появился сам хозяин мастерской. Услышав его имя, Перуджино воскликнул: