Это прекрасно понимали и в подмосковном казачьем лагере. Реакция последовала незамедлительно. На Суздаль были срочно брошены казачьи отряды атаманов Андрея и Ивана Просовецких. Польские войска отошли без боя, и Суздаль был занят казаками. Таким образом, прямой путь Пожарскому к Москве был закрыт. Конечно, дворянское ополчение без труда могло выбить казаков из Суздаля, но начинать войну с первым ополчением было нецелесообразно в военном, а главное — в политическом отношении. Поэтому Пожарский решил двинуть рать в обход Москвы по Волге.
Между тем осложнилась обстановка на севере Руси. 8 июля 1611 года самозванец явился у стен Пскова. На выручку Пскову шведы направили отряд Горна. Лжедмитрий III испугался и отступил к Гдову. Горн отправил укрепившемуся в Гдове Лжедмитрию послание, где писал, что не считает его настоящим царем, но так как его «признают уже многие», то шведский король дает ему удел во владение, а за это пусть он откажется от своих притязаний в пользу шведского королевича, которого русские люди хотят видеть своим царем. Самозванец отказался, его войска сделали вылазку из Гдова и прорвались в Иван-город. 4 декабря 1611 года Лжедмитрий III торжественно въехал в Псков, где немедленно был «оглашен» царем.
Вождям первого ополчения давно требовался кандидат на престол. Многие казаки, не говоря уж о дворянах, не любили Заруцкого и не желали «воренка» Ивана Дмитриевича. Поэтому в Псков срочно была послана делегация казаков во главе со сподвижником «тушинского вора» Казарином Бегичевым. В Пскове Казарин только взглянул на самозванца, как закричал во всю мочь: «Вот истинный государь наш калужский!» 2 марта 1612 года по предложению Ивана Плещеева первое ополчение присягнуло «псковскому вору» или, как его иногда называют историки, Лжедмитрию III.
Узнав о намерении Пожарского, Трубецкой и Заруцкий решили опередить его и захватить Ярославль, преградить путь Пожарскому по Волге и отрезать ополчение от русского Севера. К Ярославлю с атаманом Андреем Просовецким двинулся большой отряд воровских казаков.
Пожарский среагировал немедленно и выслал к Ярославлю мобильный отряд под началом Дмитрия Петровича Лопаты-Пожарского. Основные же силы ополчения торжественно двинулись в поход из Нижнего Новгорода 23 февраля 1612 года. В Балахне, первом городе на пути ополчения, жители хлебом-солью встретили Пожарского, а местный воевода Матвей Плещеев присоединился к ополченцам. Так же встречали ополчение жители Городца, Кинешмы и других городов. Лишь в Костроме воевода Иван Шереметев, сторонник Владислава, не пожелал впустить в город ополчение. Но жители ударили в набат и связали воеводу. Вошедшему в Кострому Пожарскому пришлось спасать Шереметева, которого горожане хотели казнить. По просьбе костромичей Пожарский назначил им нового воеводу князя Романа Ивановича Гагарина.
В Ярославле власть была в руках престарелого боярина Андрея Куракина и дьяка Михаила Данилова. К ним присоединился приехавший из первого ополчения стольник Василий Бутурлин. Весть о присяге первого ополчения «псковскому вору» и прибытие отряда Лопаты произвели должное впечатление на Куракина, и он счел за лучшее присоединиться к Пожарскому. Таким образом, Ярославль без боя перешел в руки второго ополчения. В первых числах апреля 1612 года основные силы ополчения под колокольный звон вступили в Ярославль.
В Ярославле ополчение простояло четыре месяца. А куда им было спешить? К казакам, бывшим тушинцам, которые никак не могут решить, кого делать царем — «псковского вора» или Маринкино отродье? В ходе ярославского «сидения» нижегородское ополчение значительно усилилось и реорганизовалось. Не вступая в открытое сражение с казаками первого ополчения, их потихоньку выдавили из городов Центральной России. В апреле к Суздалю подошел отряд князя Романа Петровича Пожарского, и атаману Просовецкому пришлось уносить ноги. В мае 1612 года воевода Иван Наумов подошел к Переславлю-Залесскому, и казаки снова бежали без выстрела. В том же мае князь Дмитрий Черкасский выбил казаков из Углича. Четыре атамана сразу перешли на его сторону, но к остальным пришлось применить силу.
Чтобы очистить путь на север, Дмитрий Пожарский отправил в Пошехонье отряд Лопаты-Пожарского. Воровские казаки были выбиты из Пошехонья. Их атаман Василий Толстой бежал в Кашин, где засел воевода первого ополчения Дмитрий Черкасский. Недолго поразмыслив, Черкасский перешел на сторону Пожарского.
Торжок и Владимир также подчинились «Совету всей земли», созданному в Ярославле.