Чрезвычайно важным делом эпохи Александра III были церковно-приходские школы. Император видел в приходской школе одну из форм сотрудничества Государства и Церкви. Православная Церковь, по его убеждению, искони была воспитательницей и учительницей народа. Столетиями школы при церквях были первыми и единственными школами на Руси, в том числе и Белой. До половины 60-х годов XIX века почти исключительно священники и другие члены причта были наставниками в сельских школах. 13 июня 1884 г. императором были утверждены «Правила о церковно-приходских школах». Утверждая их, император на докладе о них написал: «Надеюсь, что приходское духовенство окажется достойным своего высокого призвания в этом важном деле». Церковно-приходские школы стали открываться во многих местах России, часто в самых глухих и отдалённых селениях. Зачастую они являлись единственным источником просвещения для народа. При вступлении на престол императора Александра III в Российской империи было всего около 4 тысяч церковно-приходских школ. В год его кончины их было 31 тысяча, и в них обучалось более миллиона мальчиков и девочек.
Вместе с ростом числа школ укреплялось и их положение. Первоначально эти школы основывались на церковные средства, на средства церковных братств и попечительств и отдельных благотворителей. Позднее пришла к ним на помощь государственная казна. Для заведывания всеми церковно-приходскими школами был образован при Святейшем Синоде особый училищный совет, издающий учебники и необходимую для образования литературу. Опекая церковно-приходскую школу, император осознавал важность соединения в народной школе основ образования и воспитания. Это воспитание, оберегающее народ от пагубных влияний Запада, император видел в Православии. Поэтому и к приходскому духовенству Александр III относился особенно внимательно. До него приходское духовенство лишь немногих епархий получало содержание от казны. При Александре III был начат отпуск из казны сумм на обеспечение духовенства. Этим распоряжением было положено начало улучшению быта русского приходского священника. Когда духовенство приносило благодарность за это начинание, он сказал: «Буду вполне рад, когда мне удастся обеспечить всё сельское духовенство».
Однако во многих исследованиях утверждается, что до конца империи сельское духовенство оставалось нищим и бесправным. Оно страдало также от поборов со стороны церковного начальства – благочинных и архиереев.