Толстой рассчитывал на то, что семинаристы помогут укрепить консерватизм среди студенчества. «Но семинаристы оказались радикальнее мирских студентов, и их приток радикализировал ВУЗы. Семинаристы ринулись в ВУЗы, епископы жаловались на сокращение кандидатов в священники. Пользуясь возможностями получения стипендий и бесплатного образования в семинариях, их заполняла молодёжь, не имевшая намерения принимать сан. В 1879 году Толстому пришлось провести контрреформу: закрыть семинаристам свободный доступ в университеты – они теперь должны были сдавать весьма сложные вступительные экзамены, а детям не из духовных семей – в семинарии; последние принимались в семинарии только с обязательством принять сан после окончания. Элемент принудительности отрицательно сказался на нравственном климате в духовной школе. Семинарские моления в храме перед и после вкушения пищи, были для многих формальны; многие семинаристы были атеистами, либо прохладными христианами, не собиравшимися рукополагаться: дети духовенства не должны были давать обязательства о принятии сана: их родители не имели средств для выбора между церковной и государственной школой. Будь у них выбор, многие не пошли бы в семинарии, а их места заняли бы глубоко верующие юноши из светских семей. И тогда дух в семинариях был бы совсем другой. Большинство семинаристов были детьми сельских батюшек – бедняков с большими семьями. Когда дети выросли и их надо было отправлять в город на учебу, а денег не было, попам приходилось унижаться перед кулаками, просить у них помощи, а за это кормить и поить их, и речи не могло быть об укорах в проповедях. Дети краснели за отца, а христианское воспитание детей духовенства развивало в них обострённую реакцию на социальную несправедливость.
Поэтому разночинцы радикалы, революционеры-интеллигенты были в XIX веке преимущественно выходцами из духовных семей, семинаристами или бывшими семинаристами».
В конце царствования царя-освободителя реформы в области духовного просвещения были признаны провальными.
Положению Церкви в следующее царствование посвящена татья Валентины Тепловой «Император Александр III. Царь-Миротворец».