Древним религиозным центром культа бога Ра был Гелиополь, который греки называли «городом солнца». В Библии сей град упоминается как город Он, что является вариантом собственно египетского названия «Ауну», «Оуну» или «Иуну», то есть «украшенный колоннами город», известный в арабском мире как Айн Шаме, что буквально означает «солнечный глаз» или «солнечный исток». Ныне миновали дни его величия, и Айн Шаме — всего лишь оживленный северо-восточный пригород Каира, расположенный поблизости от международного аэропорта.
Эхнатон покровительствовал культу Ра из Гелиополя, определившему еще в самом начале его царствования религиозные взгляды фараона, жреческие титулы и тип богослужения, который предполагал, по свидетельству Апио-на, строительство храмов с отверстой кровлей, в которых каждое утро можно было приветствовать солнце. Надписи времен Эхнатона гласят, что Ра — сокровенный свет Атона, а храм Атона в Карнаке изображает Ра-Характи в виде мужеподобного бога с головой сокола, увенчанной солнечным диском. Кроме того, один из главных жреческих титулов Гелиополя звучал как «Величайший из Провидцев», его был удостоен Мерира II, личный визирь Эхнатона — верховный жрец Атона в Амарне 42.
Подобно Осарсифу-Моисею Манефона, Эхнатон запрещал поклоняться идолам и не почитал священных животных. Например, в его царствование в Мемфисском некрополе Серапеума в Саккаре не захоронили ни одного быка Аписа, что ясно указывает на отвержение фараоном этой древней традиции. Ее возобновили лишь в царствование Тутанхамона, при котором, насколько известно, в Серапеуме, воздавая великие почести, захоронили одно священное животное 43. С другой стороны, Эхнатон почитал священного быка Мневиса из Гелиополя, считавшегося воплощением Урмер, который в надписях характеризуется как «жизнь Ра» 44. Каждый бык должен был провести свои дни в роскоши, а после смерти его тушу бальзамировали и хоронили в специально приготовленной гробнице в Гелиополе. Переселившись в Амарну, Эхнатон повелел вырыть в Царском Вади, где была также построена гробница для семьи фараона, просторную могилу для быка Мневиса 45. Впрочем, неизвестно, был ли хотя бы один бык похоронен в упомянутой могиле, но сам факт ее существования указывает на верность Эхнатона религиозным традициям Гелиополя.
Наконец, Эхнатон поклонялся камню бен-бен, который, возможно, был самым важным культовым объектом Гелиополя, ставшим неотъемлемой частью его преданий. Это был священный камень в форме конуса, пирамидального обелиска или ступенчатой пирамиды, который устанавливался на столбе в открытом дворе Гелиополя, известного как Дворец Бен-бен, или Дворец Феникса. В четвертое лето своего царствования Эхнатон приступил к сооружению храма в Карнаке, называемого также Дворцом Бен-бен, где, несомненно, он хотел поместить свой собственный камень бен-бен. В шестой год царствования, когда Эхнатон совершал переезд в Амарну, начались работы над храмом с отверстой кровлей, названным Великим Домом Атона. В его восточной части располагался Дворец Бен-бен, где был установлен еще один камень бен-бен. Насколько известно, он имел форму закруглявшейся сверху стелы из кварцита, установленной на двух каменных пьедесталах 46. Эхнатон, насколько известно, установил также каменную стелу — точную копию камня бен-бен из Гелиополя — в храме Атона, который построил отец Эхнатона в дни своего царствования 47.
Характерное для Эхнатона страстное почитание камня бен-бен, который в древнеегипетской космологии символизировал Первый Миг Творения, или «
Если и есть эпоха, которая наиболее полно отразила события, непосредственно связанные с библейским Исходом, то это отнюдь не царствование Рамсеса И или его сына Мернептаха; это — Амарнский период. К такому заключению можно прийти, имея совершенный слух и внимая фактам. Тогда становится неважным, что шумы и помехи других эпох египетской истории наслаиваются на рассказ, представленный в Книге Исхода.