В этом кризисе французская Церковь играла главную роль, поскольку она опиралась на высочайший интеллектуальный и нравственный авторитет всего христианского мира – Парижский Университет. Вероятнее всего, международный престиж Парижского Университета несколько снизился именно из-за раскола, обособившего его от части христианского мира, а также из-за создания новых университетов в различных странах Европы. Образование, которое он давал, в XIII в. столь блестящее, начало застаиваться из-за злоупотребления схоластическими рассуждениями, подменявшими суть формой, и в конце концов превратилось в механизм, работающий вхолостую. Но Парижский Университет, с его преподавателями, студентами и служащими, оставался настоящей силой, сохраняя значительную независимость по отношению к государственной власти, которую он заставлял уважать свои привилегии. Стоило людям короля, пренебрегая правом быть судимыми церковным судом, которым пользовались те, кто принадлежал к Университету, арестовать нескольких буйных студентов, как Университет тотчас устраивал забастовку, прекращал наставления и лекции, присвоение степеней и даже угрожал покинуть столицу и перенести свою деятельность в какой-нибудь другой город. Чаще всего королевская власть капитулировала перед угрозой и вынуждена бывала принять меры против злоупотреблений, совершенных ее слугами.
После тщетных попыток восстановить единство понтификата, примирив пап-соперников, Университет поддержал «отказ в повиновении», который, отвергая власть авиньонского папы, превращал французскую Церковь в своего рода автономную национальную Церковь. Он призывал всех верных присоединиться к нему и не стеснялся настраивать общественное мнение против своих врагов. Когда Бенедикт XIII откликнулся на «отказ» буллой об отлучении от церкви, Университет заставил прилюдно изорвать ее в клочья, а двух посланцев, которые с ней явились, приговорили к унизительному публичному покаянию. Их усадили в две повозки, одев в черные полотняные стихари с перевернутыми гербами Пьера де Люна (Педро де Луны, то есть Бенедикта XIII) и нахлобучив им на головы бумажные митры с надписью «изменившие Церкви и королю». В таком виде их принудили подняться на эшафот, построенный посреди двора, выставив народу на посмешище. На бурных собраниях представители Университета обличали папу и яростно протестовали против налогов, которые он намеревался собирать с французского духовенства. Университет стал самой надежной опорой тезису соборности, согласно которому верховная власть Церкви воплощалась не в личности святейшего правителя, но во всемирном соборе, который должен был «руководить папой, управлять им, наставлять его во всем, что касается;веры, во всем, что необходимо для спасения». Он потребует в 1429 г. торжественного отречения от своих слов у брата-минорита, заявившего, что лишь папская власть может придать силу закона решениям Базельского собора.
Но Университет не довольствовался тем, что вмешивался в жизнь Церкви. Он претендовал также и на то, что во имя истины и справедливости трудится ради установления внутреннего мира в королевстве. Его магистры и доктора восстали против плохого управления королевством, обличили растрату общественных средств и потребовали государственных реформ. В течение сорока лет Университет был тесно связан с политическими превратностями в королевстве. Большая часть его членов встала на сторону Иоанна Бесстрашного в его конфликте с герцогом Орлеанским, и одному из его докторов, Жану Пти, – который уже отличился своими яростными нападками на Бенедикта XIII, – герцог Бургундский поручил оправдать убийство своего кузена. В Генеральных Штатах, созванных в 1413 г., программу реформы излагали представители Университета и духовенства, и поддерживали их народные выступления, где монахи – проповедник Жан Куртекюисс и кармелит Эсташ де Павильи – играли роль предводителей. Знаменитый «кабошьенский ордоннанс», который, порицая наиболее вопиющие злоупотребления администрации, был направлен на создание более справедливого правительства, являлся творением комиссии, где представители Университета и духовенства (в том числе Жан Куртекюисс и Пьер Кошон, будущий судья Жанны д'Арк) играли главную роль.