Арманьякская диктатура, на пять лет нависшая над Парижем, заставила Университет умолкнуть, – во всяком случае, во всем, что касалось политических дел, поскольку он продолжал активно вмешиваться в дела, связанные со Схизмой. Некоторые магистры, особенно открыто сочувствовавшие герцогу Бургундии, были брошены в тюрьму или изгнаны. Но возвращение бургиньонов в 1418 г. вернуло Университету его утраченное влияние. Теперь для той маленькой кучки ученых, которая встала на сторону арманьяков, настал черед познакомиться с резней, тюрьмой или изгнанием. Университет, отныне полностью бургиньонский, поддерживал всей своей властью решение «двойной монархии» и поспешил осудить заключенный в Труа договор, обеспечивавший английским государям наследование французского трона. И все же такое поведение не объясняется выгодой: идеалом Церкви было восстановление и поддержание мира; а разве не была «двойная монархия» наиболее действенным средством, способным положить конец конфликту, удручавшему весь христианский мир в течение трех четвертей века? Задавая Жанне д'Арк коварный вопрос, «верит ли она в то, что Бог ненавидит англичан», руанские судьи, несомненно, расставляли ей ловушку, но в то же время утверждали позицию Церкви, стоявшей выше конфликтов, раздиравших правителей. Во всяком случае, регент Бедфорд отдавал себе отчет в том, какие преимущества обеспечивала ему поддержка Парижского Университета и значительной части духовенства; он бережно с ним обращался, множил благотворительные фонды и поручал важные миссии «надежным» магистрам и прелатам, ставшим союзниками английской монархи.
Пьер Кошон был одним из типичных прелатов-политиков, которые сделали карьеру благодаря религиозному и национальному кризису, через который в то время проходила Франция. Кошон был студентом Парижского Университета в то время, когда встал вопрос об «отказе в повиновении». Он был из числа тех, кто присоединился к этому решению, и ему было поручено от имени Университета передать этот вопрос на рассмотрение парижского парламента. Затем он вместе с другими теологами был отправлен с посольством в Авиньон, чтобы потребовать от Бенедикта XIII отказаться от тиары. С этого времени он стал неразлучен с бургиньонской фракцией и принимал активное участие в «кабошьенских» волнениях, из-за чего был изгнан из Парижа в 1414 г., когда власть взяли арманьяки.
Но Иоанн Бесстрашный обеспечил ему компенсацию: он был послан на Констанцский собор как представитель герцога и продолжал, на теологическом уровне, начатую в Париже борьбу против арманьяков. Пока Жерсон – один из немногочисленных парижских магистров, которые поддерживали арманьяков, – старался добиться осуждения Жана Пти и его апологии тираноубийства, (что было равносильно осуждению самого Иоанна Бесстрашного), Кошон выступил в его защиту и добился того, что этот вопрос не решался. В 1418 г. он вместе с бургиньонами вернулся в Париж и стал при короле «maure de requetes» (докладчиком прошений). Его материальное положение в то время было самым блестящим: пренебрегая каноническим правом, он собрал множество церковных бенефициев: он был капелланом церкви Св. Стефана в Тулузе, архидиаконом в Шартре, Шалоне и Бове, капелланом часовни герцогов Бургундских в Дижоне, и Университет обратился к папе Мартину V с просьбой разрешить ему сохранить эти бенефиции. Мартин V, избранный Констанцским собором, где Кошон играл значительную роль, не мог отказать ему в этой милости; больше того, он назначил его референдарием папского двора и хранителем привилегий Университета. Наконец, в 1420 г. Кошон был «избран» епископом Бове, где показывался крайне редко. В действительности он стал одним из доверенных лиц регента Бедфорда и вошел в совет при молодом короле Генрихе VI, получая тысячу ливров в год. Впрочем, завоевание Бове арманьяками вследствие первых успехов Жанны д'Арк вынудило его окончательно покинуть свой епископальный город, и тогда он укрылся в Руане, где английское правительство возлагало на него многочисленные миссии: одна из этих миссий состояла в том, что он должен был вести процесс Жанны д'Арк.