Данный конфликт носил глубинный характер в смысле предельной разности понимания персонализма и самовластности, когда полное осознание ответственности за свой духовный выбор пришло в соприкосновение и столкновение с бытовым и примитивным пониманием послушания как своего рода проекции гарнизонной дисциплины, категорически отрицающей те самые персонализм и индивидуальность. Безусловно, не следует отметать весьма и весьма своеобразные черты характера иеромонаха Никона, но в чем ему не мог отказать никто, в том числе и его враги, так это в его горячей, ревностной и сердечной вере, которая переполняла всю его кипучую натуру. Не наблюдая подобного же горения, подобного же проявления служения Богу в других, окружавших его монахах, будущий патриарх приходил в искреннее негодование и недоумение. Однако его противники склонны были усматривать в этом дерзость, заносчивость и надменность бывшего анзерского подвижника.
Известный исследователь Соловецкого восстания Ольга Валерьевна Чумичева пишет, что «особую остроту ситуации придал тот факт, что в самый напряженный период после принятия Соборного уложения (1649 год) у Соловецкого монастыря появился новый сосед. С 1649 года Новгородскую митрополию возглавил Никон. Властный и энергичный митрополит скоро оказался в конфликте с соловецкой братией... Получив в 1651 году по царской грамоте право суда в Соловецком монастыре, Никон разрушил традиционную привилегию обители, ранее неподсудной новгородским митрополитам... Серьезный экономический ущерб принесла Соловецкой обители организация в Поморье личного монастыря Никона — Крестного (на Кий-острове), в пользу которого Никон (уже патриарх) отписал две богатые соловецкие вотчины: Кушерецкую волость и Пияльское усолье».
Однако было бы ошибкой думать, что конфликт Никона и Соловков лежит исключительно в плоскости нестыковки административных, «вождистских» амбиций первого и экономических утрат второго.
Причины, как мы уже заметили, были гораздо более глубокими. Аскетические заветы преподобных Савватия, Зосимы и Германа в монастыре первой трети XVII века были уже скорее частью Соловецкого предания, нежели живой практикой. Насельники Спасо-Преображенской обители, смешавшись с многочисленными мирянами, прибывшими на остров для решения своих личных проблем (экономических, хозяйственных, торговых, служебных, военных), в силу объективных причин ушли от изначальной скитской строгости отцов-основателей, превратив Соловки в своего рода агломерацию, вмещавшую в себя и монастырь, и хозяйственный комплекс, и фортификационные сооружения, и стрелецкие казармы, и тюрьму.
Никон же, прошедший суровую школу анзерского послушания, изначально относился к этому островному «коловращению» резко отрицательно. Мы уже обращали внимание на то, что молодой священник, прибывший на Соловки в 1635 году, пожелал постричься во иночество именно в скиту преподобного Елеазара, а не в самом Спасо-Преображенском монастыре. Известно, что в те годы между Анзером и Большим Соловецким островом наблюдалось своеобразное противостояние, причем исключительно духовное, и Никон, спустя годы, наполнил эту оппозицию политическим, экономическим и богословским содержанием.
Можно утверждать, что перенесение мощей святителя Филиппа из Соловков в Москву летом 1652 года стало одним из этапов по усмирению гордой и богатой обители, нарочито презрительно и высокомерно относившейся к «беглецу» и «выскочке» Никону, взошедшему так высоко и теперь в силу церковной субординации требующему неукоснительного себе подчинения. Причем все, и соловчане в первую очередь, понимали абсолютную законность этих требований.
В то время личность Филиппа (Колычева) стала своего рода водоразделом, где каждый имел свою правду, свое понимание подвига Московского святителя и свое толкование знаменитых слов святого, сказанных им царю: «Наше молчание налагает грех на твою душу и всенародную наносит смерть. Если один из служителей корабля впадает в искушение, небольшую делает он беду плавающим, но если сам кормчий, то всему кораблю наносит он погибель... Не Сам ли Господь заповедал в Евангелии: больше сия любви никто же имать, да кто душу свою положит за други своя, и аще в любви Моей пребудете, воистину ученицы Мои будете; так мы мудрствуем и держим сие крепко».
В сложившейся на острове и вокруг него ситуации принципиальным было осмысление того, кто является «служителем корабля», а кто «кормчим».
У соловецких сидельцев ответ на этот вопрос созрел к весне 1669 года, когда келарь Азарий, казначей Симон, а также иные старцы приняли решение отказаться от соборной молитвы за царя и патриарха, что дало повод властям расценить бунт островитян не только как духовный, но и как политический.
Более того чернецы стали позиционировать себя как продолжатели дела святителя Филиппа, который выступил против бесноватого царя, тогда как они возвысили свой голос против патриарха-антихриста, предавшего «древлее благочестие» и заветы святых подвижников соловецких.