5 марта 1940 года приказом командующего Северным флотом (на основании директивы № 009 Главного военно-морского совета от 21. 12. 1939) на Соловках был сформирован Учебный отряд Северного флота, который состоял из пяти школ: пулеметной, зенитной, школы боцманов, мотористов и коков. В 1942 году в результате реорганизации структура УО СФ выглядела уже следующим образом: электромеханическая школа, школа оружия, школа связи, объединенная школа и школа юнг ВМФ.
Таким образом, Учебный отряд готовил по следующим морским профессиям: рулевой, сигнальщик, кок, кладовщик, писарь, минер, торпедист, котельный машинист, катерный моторист, моторист, машинист-турбинист, электрик-прожекторист, электрик, радист, артиллерийский электрик, дальномерщик, комендор для флота (помощник корабельного артиллериста).
Курсанты Учебного отряда были размещены на территории Соловецкого кремля, их же руками производились и ремонтно-восстановительные работы бывшего первого отделения Соловецкого Лагеря Особого Назначения. Учебные классы отряда также находились в здании тюрьмы на Кирпичном заводе.
Начатое еще при СТОНе строительство аэродрома на Большом Соловецком острове было завершено (действует до сих пор), а к 1941 году еще один военный аэродром был построен на острове Муксалма. Соловецкое авиазвено было укомплектовано самолетами-разведчиками У-2 (По-2) и военно-транспортными машинами Щ-2.
В конце 1940 года на остров также стали прибывать регулярные части советской армии, расселение которых уже велось по всему архипелагу. В это же время была сформирована батарея тяжелой береговой артиллерии на северо-западном берегу Большого Соловецкого острова, а также легкие береговые и зенитные батареи у гавани Благополучия. Началось строительство Соловецкого военного порта СФ, впоследствии войсковая часть 42895 — бригада ВМФ «Острова Соловецкие», в задачи которой входило обеспечение всеми видами снабжения кораблей Северного флота, базирующихся на Соловецких островах.
Также островному гарнизону была придана 1 -я отдельная дисциплинарная рота Северного флота для содержания осужденных из числа младшего начальствующего и рядового состава срочной службы Краснознаменного Балтийского и Северного флотов.
После короткого затишья жизнь на Соловках вновь закипела.
По воспоминаниям очевидцев, в начале 40-х годов численность населения (что и понятно) здесь резко выросла. В годы войны на острове проживало более десяти тысяч человек, это были военнослужащие, их семьи, вольнонаемные, а также курсанты УО СФ и учащиеся Соловецкой школы юнг.
О последнем подразделении Соловецкого учебного отряда следует сказать особо.
Из Приказа народного комиссара Военного-морского флота Союза ССР адмирала Н. Кузнецова от 25 мая 1942 года:
«В целях создания кадра будущих специалистов флота высокой квалификации, требующих длительного обучения и практического плавания на кораблях ВМФ, приказываю:
1. К 1 августа 1942 г. сформировать при учебном отряде СФ школу юнгов ВМФ со штатной численностью переменного состава 1500 человек, с дислокацией на Соловецкие острова. Плановые занятия начать с 1 сентября 1942 г.
2. Школу юнгов ВМФ подчинить командиру учебного отряда Северного Флота.
3. Школу укомплектовать юношами-комсомольцами и некомсомольцами в возрасте 15—16 лет... исключительно добровольцами.
4. Из принимаемого контингента готовить следующих специалистов:
— боцманов флота
— рулевых
— радистов
— артиллерийских электриков
— торпедных электриков
— мотористов
— электриков.
...Начальнику Главного Управления Портов ВМФ обеспечить изготовление и подачу комплектов обмундирования для юнгов к началу приема их в школу».
Почему именно здесь, на Соловецком острове, где еще несколько лет назад располагался закрытый спец-объект ОГПУ—НКВД, где каждую весну после схода снега из-под земли выступали человеческие останки, где километры колючей проволоки делили всё пространство архипелага на сектора, где тифозные бараки на Анзере стояли по-прежнему заколоченными, а окна бывших монастырских палат были забраны решетками, решили устроить школу юнг, где детей обучали военному и морскому делу, сказать трудно.