События развивались быстро. 12 июня 1789 года, спустя несколько дней после представления Блэром доклада, генерал-губернатор провел заседание Совета, на котором присутствовал и лейтенант Блэр. На Совете было решено начать колонизацию Андаманских островов. Главная цель этого мероприятия состояла в создании должным образом укрепленного порта, который служил бы убежищем британскому военному флоту. Особенно он мог бы быть полезен в случае войны или во время кораблекрушений, которые часто терпели суда в этом районе из-за яростных муссонов. Также была выражена надежда, что само присутствие европейцев может положить конец расправам над теми, кто в поисках убежища попадает в руки аборигенов, и сократить до минимума разбойничьи действия пиратов из Малайи. В то время Ост-Индская компания еще не собиралась превращать Андаманы в место ссылки каторжан, но туда, как и в поселения в Пенанге и на Суматре, позднее послали несколько осужденных, которых использовали на расчистке джунглей и на многих других тяжелых работах.
17 сентября 1789 года Блэр вместе с несколькими мастеровыми, рабочими и солдатами отплыл из Калькутты и 28 сентября того же месяца прибыл в Порт-Корнуоллис. Об этом своем плавании он сообщал как об «утомительном и бурном». 25 октября 1789 года был поднят британский флаг над редутом, который к тому времени, по мнению лейтенанта Блэра, стал «обороноспособным против любого нападения, которое могут предпринять туземцы». Поднятию флага салютовал «Рейнджер» (судно компании, на борту которого прибыли Блэр и его группа), ему вторил троекратный залп гарнизона.
Свое временное пребывание на острове Чатам Блэр начал с расчистки джунглей, выращивания овощей и посадки фруктовых деревьев. В некоторых местах на острове посеяли траву, построили жилища для 119 человек и даже лазарет. Хотя значительная часть провианта доставлялась сюда из Пенанга и Калькутты, однажды «Рейнджер» послали на остров Кар-Никобар за «деревьями, кокосами и овощами». Согласно Блэру, корабль не только вернулся со множеством продуктов, но и доставил двух китайцев-огородников, которым незамедлительно поручили подготовить участок под второй огород.
Дело быстро пошло на лад — поселение развивалось. К февралю 1790 года была построена деревянная верфь. Спустя некоторое время тем, кто ехал в отпуск в Калькутту, разрешили привозить с собой семьи. В марте 1792 года Блэр сообщал, что состояние здоровья людей в поселке настолько хорошее, что даже не чувствуется отсутствия корабельного врача, уехавшего в отпуск. Самое главное — Блэру удалось установить довольно дружественные отношения с аборигенами, хотя на первых порах, правда, еще имели место столкновения.
М. В. Портмен, чиновник но делам андаманцев в конце прошлого века, опубликовавший в 1899 году записки по истории отношений англичан с андаманцами, писал: «Хотя лейтенант Блэр не знал, что в гавани он сталкивается не с одним племенем туземцев — их там было два, они враждовали между собой и не понимали языка друг друга… тем не менее вскоре после его прибытия туда он установил дружественные отношения с племенем джаравов, которое занимало южную половину гавани».
Без сомнения, это было достижением, учитывая, что джаравы — непримиримые враги любой чуждой цивилизации, такими они остаются и в наши дни. Другое племя,
Хотя успех поселения был очевиден, однако правительство, как сообщал М. В. Портмен, «не смогло этого оценить», и было принято решение перевести поселение в северо-восточную гавань острова Северный Андаман. Сейчас это поселение называется Порт-Корнуоллис. Это оказалось серьезной ошибкой. Все началось 13 апреля 1790 года, когда Блэр довел до сведения правительства, что северо-восточная гавань заслуживает внимания генерал-губернатора. Вслед за этим гавань посетил коммодор Корнуоллис. Она произвела на него очень хорошее впечатление, и он отдал распоряжение Блэру провести специальное ее обследование. Блэр провел его в марте 1791 года. Получив доклад Блэра о результатах обследования, коммодор писал генерал-губернатору: «Считаю, что северо-восточная гавань значительно лучше подходит для размещения военных кораблей, чем Порт-Корнуоллис. Последний, по моему мнению, слишком ограничен и легкоуязвим, так как окружен высокими холмами. Источник питьевой воды у них общий — дождь. Что касается обороны, то остров расположен вне досягаемости пушечного выстрела с отдаленного берега, я сам в этом убедился, произведя выстрел с острова. И хотя он невелик, на нем много сухого места при низких приливах… Думаю, он вполне пригоден для установки батарей».
Коммодор рекомендовал перевести поселение в эту новую, северо-восточную гавань на Северном Андамане.