Тогда в Москве созрел план, исполнителем которого, если не творцом, был Борис Годунов. План состоял в том, чтобы не выпустить Иеремии из Москвы без того или иного решения дела об учреждении патриаршества в Москве. Патриарха вселенского решили склонить или единолично поставить патриарха на Руси, или же дать обязательство провести это дело на Вселенском Соборе, который будет созван по его возвращении на родину. Иеремию окружили ловкими агентами-приставами: умело ему льстя, они подготовляли его к податливости и соглашению. Сам же Борис зачастил к патриарху на подворье для тайных бесед, как только там обозначились первые признаки податливости. Спутники Иеремии, греки, составлявшие его свиту, с огорчением отмечали, будто «такой патриарх имел нрав, что никогда не слушал ни от кого совета, даже от преданных ему люден, почему и сам терпел много, и церковь в его дни». Зарвавшись в беседах с хитрыми москвичами, Иеремия сказал лишнее слово. Он понимал твердо, что единолично не может создать московский патриархат; но, желая угодить Москве, а самому тепло устроиться, он думал разрешить задачу тем, чтобы самому остаться в Москве в сане патриарха. «Если хотят, то я останусь здесь патриархом», – заметил он одному из греков, своих спутников, митрополиту Иерофею. Иерофей резко возразил, говоря, что это невозможно: «… ты не знаешь обычаев этой страны, здесь иные порядки, иные нравы; русские не хотят тебя иметь своим патриархом; смотри, чтобы тебе не осрамиться». Но патриарх остался глух к возражениям и предостережениям: он высказал ту же готовность остаться и в разговоре с московскими приставами – и на этом был уловлен. По словам профессора Шпакова, «с момента произнесения им: остаюсь – переговоры быстро двинулись вперед, и в русских памятниках мы уже находим официальное их описание». Борис Годунов получил царское приказание с патриархом «посоветовати, возможно ли тому остатися, чтобы ему быти в его государстве, Российском царстве, – в стольнейшем граде Володимире». Получив в общих выражениях согласие Иеремии, хитро пожелали, чтобы он согласился жить не в Москве, а во Владимире. Захудалый Владимир испугал Иеремию. Он имел в виду стольную Москву, блестящий дворец московского царя и пышный «чин» кремлевского митрополичьего (в будущем патриаршего) двора; а ему предлагали городок с тремя или четырьмя сотнями дворов на посаде и с обваленною и запустошенною крепостью на высоких берегах тихой Клязьмы. О Владимире один из спутников Иеремии выразился, что он – «хуже Кукуза», армянского городка, где был заточен Иоанн Златоуст. Понятно, что патриарх отказался;«… чтобы мне быти в его государеве государстве», – ответил он Борису, – и яз от того не отмещуся; только мне в Володимире быти не возможно, занеже патриархи бывают при государе всегда; а то что за патриаршество, что жити не при государе? Тому остаться никак не возможно!» В Москве тоже понимали, что патриарх всегда бывает при государях, и если прочили Иеремию во Владимир, то лишь затем, чтобы сбыть его и вовсе с рук. Грек, не разумевший по-русски, пришедший в Москву не зван, а сам собою, при другом живом цареградском патриархе Феолипте, судьба которого была неведома, – такой грек не представлял для Москвы особой прелести. Он сделал то, что от него требовалось: дал принципиальное согласие на установление в Москве патриаршества, – и он мог уйти. Борис хитро довел его до отказа поселиться во Владимире и повел дело далее. Царь Федор на соборе гласно выразил сожаление, что Иеремия отказался от Владимира и пожелал Москвы. «И то дело не остаточное! – говорил царь. – Как нам то учинити, что… преосвященного Иева митрополита всея великия России от Пречистыя Богородицы и от великих чюдотворцев (из Москвы) изженути, а учинити греческого закона патриарха? А он здешнего обычая и русского языка не знает и ни о которых делах духовных нам с ним говорити без толмача не умети». Вывод отсюда следовал один: «посоветовати» с патриархом, чтобы он поставил на Москву патриархом Иова митрополита. Борис Годунов и посольский дьяк Андрей Щелкалов «посоветовали» с Иеремией о том столь настоятельно, что грекам «совет» показался требованием. Патриарх, опрометчиво признавший возможность существования в Москве патриарха-грека, нехотя дал согласие на поставление патриарха туземца и стал просить отпуска домой. Оставалась церемониальная часть дела. Иеремия указывал на необходимость избрания патриарха собором; церковный собор был созван в январе 1589 года и состоял из высших иерархов русской церкви. Только теперь, полгода спустя после прибытия Иеремии на Русь, московское духовенство приобщалось к делу установления на Руси патриаршества и вступало в сношение с приезжими греческими иерархами. По указанию царя собор избрал по три кандидата на патриаршество и на две вновь учрежденные митрополии – новгородскую и ростовскую. Царь из трех кандидатов в патриархи выбрал, разумеется, Иова. От Иеремии спросили греческий чин поставления в патриархи и его изменили, сделав более торжественным. Затем начались торжества наречения и поставления новых иерархов с участием Иеремии и его свиты. Двадцать шестого января 1589 года Москва наконец получила патриарха: Иов был торжественно посвящен в этот сан в Успенском соборе.