Именно в такой бытовой обстановке был поднят, обсужден и разрешен вопрос об установлении в Москве патриаршества. Чисто церковный, казалось, и канонический, он получил характер государственного и политического вопроса по преимуществу и был современниками истолкован, как первый крупный политический успех самого Бориса: «…устроение се бысть начало гордыни его», – заметил Иван Тимофеев по этому поводу о Борисе Годунове. Руководящая роль светских властей в деле о патриаршестве заставила некоторых историков даже вовсе упустить из вида церковно-историческое значение события. Так, Н.И. Костомаров решился сказать, что «Борис в делах внутреннего строения имел в виду свои личные расчеты и всегда делал то, что могло придать его управлению значение и блеск; такой смысл имело преобразование, совершенное им в порядке церковной иерархии: Борис задумал учредить в Московском государстве патриархию». И некоторые другие историки (даже Карамзин) склонны были деятельное участие Годунова в деле учреждения патриаршества толковать как его своекорыстный умысел, направленный в целях личной политической карьеры. Конечно, такое понимание дела неприемлемо для серьезного исследователя, знакомого с основными течениями московской общественной мысли XVI столетия. Не один Борис, а все вершины московского общества мечтали об установлении в Москве патриаршего сана. К этому вел идеал единого православного христианского царства, который был создан в Византии и требовал, чтобы честь царская и патриаршая стояли вместе и неразлучно, помогая одна другой. Перенесенный на Русь, этот идеал здесь не осуществился сразу: созданная им при Грозном царская власть не восприняла своего венчания от лица патриарха, но по теории должна была воспринять, а потому и желала патриарха на Руси. Ей, царской власти, поэтому принадлежал и почин в данном деле и ведение самого дела. Новейший исследователь вопроса об учреждении патриаршества в Москве, профессор А.Я. Шпаков, отметил очень резкими штрихами преобладание органов светской власти в сношениях о патриаршестве с греческим духовенством, хотя он и далек был от мысли отрицать национальное и церковное значение самого дела установления патриаршества. Борис в переговорах с греческими иерархами являлся ловким и удачливым представителем московского правительства, но действовал он отнюдь не за себя, а за все Московское царство и за весь народ «нового Израиля».