Желание иметь около себя патриарха было царем Федором наследовано от его отца. Уже при Грозном созрела мысль, что, раз московский государь заступил для всего «православия» место греческого царя, он должен был иметь при себе и патриарха, как имел его византийский император. По словам профессора Шпакова, «цветущее состояние и высокое положение нашей церкви, ее отношения к константинопольскому патриарху – делали учреждение патриаршества неизбежным». Оставалось только найти повод к возбуждению дела. Такой повод представился в 1586 году, когда в Москву явился антиохийский патриарх Иоаким. Это был первый приезд в Москву восточного патриарха: до тех пор в Москве бывали греческие иерархи низших степеней. В Москве греки искали субсидий (или, как тогда выражались, «милостыни»), а также заступничества пред турецкими властями. Искал того же и патриарх. Высокого гостя приняли в Москве торжественно: почтили его «встречами», удоволили дарами и дали неделю отдохнуть от далекого пути на «подворье» (во дворе Ф.И. Шереметева); там, однако, его, по обычаю, окружили «приставами» и разобщили со всем живым миром. Царь принял патриарха с пышным церемониалом, причем в Кремль гостя привезли, несмотря на летнее время (25 июня), в парадных митрополичьих санях, самым торжественным «чином». После царского приема последовала встреча патриарха в Успенском соборе с московским митрополитом Дионисием, причем патриарху пришлось пережить неприятную минуту. Вопреки формам отношений, принятым на Востоке, митрополит, ступив навстречу гостю, носившему высший сан, благословил его первый, не выждав патриаршего благословения. Патриарх запротестовал и, по выражению официальной московской записи, «поговорил слегка, что пригожее было бы от него митрополиту принять благословение прежде, да и перестал о том». Смиренный проситель не посмел много учить своих милостивцев и принял ту роль, какую ему дали его покровители. Зато он скоро был удовлетворен царскою милостыней и ласково отпущен домой. Не сохранилось точных официальных свидетельств о тех переговорах, какие велись с Иоакимом на счет установления патриаршества в Москве. В позднейших своих записях и речах московские чиновники разноречиво вспоминали то, что было делано и говорено по данному делу. Царь Федор будто бы тайно помыслил о патриаршеском поставлении на Москве со своею супругою и ближними боярами и объявил свою мысль патриарху Иоакиму через Бориса; а патриарх со своей стороны «рекся (то есть обещал) о том посоветовати со всеми патриархи и с архиепископы и с епископы, со всем освященным собором». Что именно было условлено между Борисом и патриархом, точно, по отсутствию данных, сказать нельзя. Но Иоаким, если и обещал что-нибудь Борису, не исполнил ничего из того, на что надеялись в Москве. В Москве же, по-видимому, питали твердую надежду, что дело о патриаршестве через Иоакима получит ход на Востоке, и потому отправили туда, к патриархам, вместе с Иоакимом своего московского гонца, чтобы он тайно просил патриархов установить патриархию на Москве. Ответа, однако, не последовало, ибо на Востоке вовсе не желали исполнить желание московского государя.