По приказу королевы после регистрации все сокровища должны быть перевезены в Тауэр, а по дороге их надо было завезти во дворец королевы, чтобы она смогла все осмотреть. Главный поверенный понял, что Елизавета хотела скрыть от всех стоимость привезенных Дрейком богатств. В Тауэр же поместили на хранение 20 тонн серебра, пять слитков золота, каждый длиной 45 сантиметров, и некоторое количество драгоценных камней. Так что абсолютно ясно, что значительная часть захваченных богатств тайно попала в сокровищницу королевы. Считается, что пайщики экспедиции Дрейка получили 4700 процентов на вложенный капитал.
4 апреля 1581 года «Золотая лань» перешла в Лондон к парадному причалу. На корабль прибыла королева Елизавета; Дрейк был возведен ею в рыцарское достоинство и стал сэром Фрэнсисом Дрейком. Ему был дарован титул баронета, королева открыто гуляла с ним в своем саду и с интересом слушала рассказы пирата о его приключениях. Королева назначила Дрейка мэром Плимута и инспектором королевской комиссии по проверке состояния военного флота. В 1584 году он стал членом парламента.
Рыцарское звание обязывало Дрейка быть владельцем «замка». И он купил небольшое поместье в Букленде, расположенное в шести милях от фермы, где он родился. Дрейк стал вести жизнь помещика, занимался сельским хозяйством. Наконец-то его жена Мэри была, видимо, счастлива. Никогда ранее ее муж не находился так долго на берегу, у домашнего очага. Но в январе 1583 года Мэри скончалась. Дрейка тогда не было дома. Он был в Лондоне у королевы, которой преподнес очередной новогодний подарок. Ранее он подарил королеве корону с пятью большими бриллиантами, а на Новый год – усыпанный бриллиантами крест.
На этот раз его подарок состоял из золотой солонки, сделанной в виде земного шара, покоящегося на спинах двух обнаженных мужских фигур. На верху земного шара располагалась фигура женщины, державшей горн. Подарки Дрейка королеве всегда были необычными и изысканными. Так, в 1587 году, например, он подарил ей усыпанный бриллиантами веер из красных и белых перьев, на котором, когда его раскрывали, виден был портрет Елизаветы.
В феврале 1585 года Дрейк вторично женился. На этот раз его женой стала представительница знатного и богатого английского семейства Соммерсетов, единственная дочь сэра Джорджа Сиденгема 20-летняя красавица Елизавета.
Все шло к открытому военному столкновению между Испанией и Англией. Особенно это стало ясно в 1585 году, после того как Дрейк, командуя флотилией в составе 21 корабля с 2300 солдатами на борту, 14 сентября 1585 года вышел из Плимута и направился на юг, к берегам Испании. Дрейк захватил галисийский порт Виго и, взяв там добычу в 30 тысяч дукатов, в том числе большой серебряный с позолотой крест из кафедрального собора Виго, направился оттуда к островам Зеленого Мыса, где разорил несколько городков. Оттуда флотилия Дрейка проследовала на запад, в Карибское море. Дрейк подошел к столице Эспаньолы – городу Санто-Доминго. Пират запросил выкуп более 100 тысяч дукатов. В городе сумели собрать только 25 тысяч. Тогда Дрейк начал бомбардировку города. Пострадала ратуша и монументальный собор с гробницей Xристофора Колумба. Дрейк заполнил трюмы своих кораблей запасами продовольствия и воды, захватил стоявший в порту большой испанский галеон, а также снял с городских укреплений 240 пушек и увез их, а затем поплыл на юг, к Картахене, куда и прибыл 9 февраля 1586 года.
Перебежавшие к англичанам два марона, бывшие рабы, указали Дрейку слабые места в обороне крепости. Поэтому Картахена была взята с налета. Только 110 тысяч дукатов, выплаченные Дрейку, спасли город от разрушения. А дополнительно 1000 крон он получил за то, чтобы не был разрушен монастырь, находившийся в четверти мили от города. А город Сан-Августин на побережье Флорида, где ранее испанцы убили всех колонистов-гугенотов, пираты сожгли дотла.
На обратном пути в Англию Дрейк посетил Виргинию, первую английскую колонию на побережье Северной Америки, созданную за год до этого. 1 июня 1586 года Дрейк подошел к месту высадки колонистов и нашел их в крайне бедственном положении. Сначала он выделил колонистам судно «Дрейк», нагрузил его продовольствием и послал к берегу. Но тут разразилась сильная буря и судно погибло. Тогда колонисты не захотели оставаться в Америке и попросились на корабли флотилии. Так бесславно закончилась первая попытка англичан создать колонию на побережье Нового Света.
После возвращения Дрейк преподнес королеве драгоценный крест из кафедрального собора Виго и диадему, взятую в Картахене. Королева надела ее во время рождественских праздников.