Когда добыча была собрана и уложена в сундуки, Пуанти разрешил открыть ворота и впустить флибустьеров в город. Их поведение, как и ожидалось, совершенно не соответствовало духу договора, заключенного с испанцами, но удержать пиратов от мародерства и насилия в отношении горожан не представлялось возможным. Выслушав жалобы потерпевших, барон велел казнить одного из пойманных мародеров и разрешил жителям создавать в районах что-то наподобие сил самообороны; не прибегая к оружию, они могли хватать насильников и доставлять их к нему на суд. Однако на практике подобные меры не действовали, ибо, занимаясь разбоем, флибустьеры постоянно перемещались из одних районов в другие — туда, где их не могли узнать.
Неприязнь, возникшая между Пуанти и Дюкассом еще на Сен-Доменге, после захвата Картахены усилилась и переросла в открытую вражду. Углублению конфликта способствовала выдача Дюкассом специальных пропусков тем испанцам, которые проявили мужество при защите ворот Медиа-Луна. Это шло вразрез с замыслами барона, приказавшего до описи имущества никого из города не выпускать. Обиженным разносом, учиненным ему главнокомандующим, Дюкасс покинул город и перебрался к флибустьерам в Гетсемани. Здесь он обнаружил, что значительная часть пиратов голодает, поскольку то, что удалось отнять у испанцев, было уже съедено, а свежая провизия из города не поступала. Губернатор написал барону, что некоторые его люди опустились до поедания собак, кошек и лошадей, но получил холодный ответ, что тут, мол, не из-за чего переживать, поскольку пиратам «такая пища только на пользу». Далее Дюкасс сообщил главнокомандующему, что из-за ухода многих флибустьеров в город его контингент в Гетсемани сильно сократился и что поэтому в случае внезапного нападения врага предместье может быть потеряно. Посмеявшись над этими опасениями, Пуанти предложил рассерженному губернатору забрать три четверти своих людей и покинуть экспедицию. Озадаченный подобным предложением, Дюкасс решил изменить тактику, ибо главное, что по-настоящему беспокоило губернатора и его людей, — это судьба награбленных сокровищ. Подозревая возможный обман, Дюкасс отправил к барону своего заместителя Галифе; последний просил допустить людей с Сен-Доменга в зал, где была сложена добыча, дабы осмотреть ее. Последовал категорический отказ. Галифе внушили, что для его же блага впредь подобных предложений лучше не делать, ибо они бросают тень на честь главнокомандующего.
— Я лишь старался собрать добычу наиболее разумным способом, — пояснил Пуанти. — Мне и в голову не приходило обманывать членов экспедиции. Соответствующее распределение паев будет сделано после того, как закончим опись.
Хотя Дюкасс, выслушав Галифе, остался удовлетворен этим ответом, основная масса флибустьеров не поверила барону. Видя, как сундуки с золотом и драгоценностями переносят на борт королевских кораблей, они стали кричать, что не позволят увезти награбленное до того, как им выплатят их долю. Потрясая оружием, возбужденная толпа двинулась к берегу — по всему было видно, что пираты готовы подкрепить свою угрозу действиями. Понимая, что назревает мятеж, отвечать за который придется ему, Дюкасс стал на их пути и стал убеждать не совершать опрометчивых поступков. Напомнив им об их обязанности уважать не только короля, но и королевских офицеров, он закончил свою речь словами о том, что они смогут прорваться к золоту «только через его труп». Толпа успокоилась. Трезво оценив ситуацию, Пуанти, со своей стороны, тоже решил пойти на уступки — пираты и их корабли могли ему еще пригодиться. Поэтому в соответствии с обычаями флибустьеров был утвержден порядок выплаты компенсаций за полученные в бою ранения, а также выданы премии капитанам и тем, кто отличился добросовестной службой.
Новые проблемы возникли с началом сезона дождей. Из-за нездорового климата Пуанти потерял в течение шести дней 800 человек, которых охватила «заразная болезнь», и это обстоятельство заставило его отказаться от первоначального плана оставить в Картахене французский гарнизон. В отчете об экспедиции он писал: «Все мысли о победах и сокровищах были стерты этими болезнью и смертями. Одним словом, если бы болезнь продолжалась с такой же суровостью, я стал бы свидетелем моего неизбежного уничтожения в красивейшем порту мира, хотя врага близ меня не было; были бы потеряны не только плоды всех наших трудов, но также и эскадра, доверенная мне».