Через пять дней дону Хуану удалось собрать около 300 солдат и ополченцев. Однако этих сил было крайне мало, чтобы выбить людей Моргана из Панамы. Весь месяц президент пытался увеличить численность своего войска, но добился обратного результата: его войско не выросло, а сократилось. Бедный дон Хуан не видел в том своей вины. Он был убежден, что во всем виноваты трусливые подчиненные, отказывавшиеся выполнять его распоряжения.
30 января (9 февраля) дон Хуан написал письмо вице-королю Перу графу де Лемосу. Рассказав о потере крепости Сан-Лоренсо-де-Чагрес и Панамы и посетовав на свою несчастную судьбу, он отметил, что находится «без оружия, пороха, фитилей, ядер и денег, а все люди этого королевства так напуганы, что один лишь Бог мог бы вселить в них мужество».
Губернатору Картахены дону Педро де Ульоа стало известно о потере Панамы благодаря сообщению, доставленному ему по морю из Пуэрто-Бельо 2 (12) февраля. В тот же день он получил письмо из Испании, содержавшее копию Мадридского договора, новые инструкции и приказ королевы сохранять мир с англичанами во всей Испанской Америке. Поскольку нападение Моргана на Панаму являлось грубейшим нарушением условий англо-испанского договора, дон Педро написал адмиралу флибустьеров письмо с предупреждением об ответственности за этот враждебный акт. Неизвестно, получил ли Морган письмо дона Педро. В любом случае он продолжал заниматься тем, ради чего предпринял свою экспедицию.
В Ла-Таске, предместье города, флибустьеры обнаружили барку, которая прибыла из Дарьена с грузом маиса и теперь из-за отлива лежала на берегу. Увидев неприятеля, команда барки попыталась сжечь свое судно, но отряд англичан помешал ей это сделать. До начала прилива флибустьеры переоснастили приз, установив на его борту несколько пушек.
Проведя в Панаме неделю, сообщает Эксквемелин, Морган «послал отряд в сто пятьдесят человек в крепость Чагре, чтобы в тот же день известить ее гарнизон о счастливой победе… Испанцы, стоявшие за городом, заметив их, отошли.
После полудня Морган снова вернулся в город, каждый отряд занял положенное ему помещение, а одна группа пиратов отправилась к руинам сожженных домов, где еще была надежда выудить знатную поживу: серебряную посуду и слитки серебра, которые испанцы бросали в колодцы. На следующий день было снаряжено еще два отряда, каждый по сто пятьдесят человек, чтобы разыскать жителей города, рассеянных по окрестностям. Через два дня пираты вернулись и привели с собой двести пленников — мужчин, женщин и рабов. В тот же день посланная Морганом барка вернулась с еще тремя захваченными барками, однако самый ценный приз — галеон, груженный королевским серебром и драгоценностями самых богатых торговцев Панамы, — был упущен; исчезли и монахи со всеми церковными украшениями, серебром и золотом… Пираты захватили шлюп с этого корабля с семью матросами. Эти испанские моряки и сообщили разбойникам обо всем, что уже было сказано. Кроме того, они добавили, что галеон не мог выйти без воды в открытое море, однако предводителю пиратов было намного милее пьянствовать и проводить время с испанскими женщинами, которых он захватил в плен, нежели преследовать корабль. На следующий день пиратские барки отправились на поиски галеона, но эти поиски оказались бесполезными, поскольку на корабле уже узнали, что пираты выходили в море и захватили шлюп. На галеоне тотчас же подняли паруса. Когда пираты увидели, что корабль ушел, они напали на барки, груженные различными товарами, которые направлялись на острова Товаго [Табога] и Тавагилья [Табогилья], и затем вернулись в Панаму. По возвращении они сообщили Моргану обо всем, что произошло… Морган приказал собрать все суда, которые были в Панаме, снарядить их и догнать корабль; пираты вышли в море на четырех барках с командой в 120 человек. Они пробыли в море целых восемь дней, но никого не встретили. Галеон улизнул быстро и бесследно. У пиратов не было больше никакой надежды догнать этот корабль, и они решили отправиться на острова Товаго [Табога] и Тавагилья [Табогилья]. Там они повстречали судно, шедшее из Пайты; оно было гружено шелком, сукном, сухарями и сахаром; на нем было примерно на 20 тысяч пиастров чеканного серебра. С этим судном и сопровождавшей его баркой, на которую они погрузили добро и пленных, захваченных на островах Товаго [Табога] и Тавагилья [Табогилья], пираты вернулись в Панаму».
Корсарами, оперировавшими в Тихом океане, командовал капитан Роберт Сирл. Морган не смог простить Сирлу то, что он упустил галеон с сокровищами, и в дальнейшем никогда больше не оказывал ему содействия.