Незначительное сопротивление флибустьерам было оказано на Пласа-Майор, или Главной рыночной площади. Затем начали взрываться бочки с порохом, размещенные в домах по всему городу. Те жители, которые еще оставались в Панаме, бросились бежать из города с криками:
— Жгите, жгите все! Это приказ дона Хуана!
Согласно «Правдивому отчету…» и испанским данным, когда флибустьеры заняли город, он уже был объят пламенем.
Так кто же поджег Панаму?
Эксквемелин утверждал, что поджог был осуществлен пиратами:
«После полудня Морган приказал тайно поджечь дома, чтобы к вечеру бо́льшая часть города была охвачена пламенем. Пираты же пустили слух, будто это сделали испанцы. Местные жители хотели сбить огонь, однако это им не удалось: пламя распространилось очень быстро; если загорался какой-нибудь проулок, то спустя полчаса он уже весь был в огне и от домов оставались одни головешки… Внутри многие дома были украшены великолепными картинами, которые сюда завезли испанцы. Кроме того, в городе было семь мужских монастырей и один женский, госпиталь, кафедральный собор и приходская церковь, которые также были украшены картинами и скульптурами, однако серебро и золото монахи уже унесли. В городе насчитывалось две тысячи отличных домов, в которых жили люди других званий; было здесь много конюшен, в которых содержались лошади и мулы для перевозки серебра к Северному берегу… Кроме того, там был великолепный дом, принадлежащий генуэзцам, и в нем помещалось заведение, которое вело торговлю неграми. Его тоже сожгли. На следующий день весь город превратился в кучу золы».
Информацию Эксквемелина решительно опровергает автор «Правдивого отчета…», писавший, что, войдя в город, «мы вынуждены были бросить все силы на тушение огня, охватившего дома наших врагов, которые они сами подожгли, чтобы не дать нам возможности ограбить их; но все наши усилия были напрасны, ибо к полуночи весь город сгорел, кроме части пригорода, которую благодаря великим стараниям мы ухитрились сберечь, включая две церкви и около трехсот домов».
Примечательно, что дон Хуан тоже не скрывал, что город был подожжен самими жителями — «рабами и владельцами домов». При этом пожар не затронул здания Королевской аудиенсии и Бухгалтерии, особняк президента, монастыри Ла-Мерсед и Сан-Хосе, отдельные жилища на окраинах и около трехсот хижин негров — погонщиков мулов из предместий Маламбо и Пьерда-Видас. (Впрочем, когда президент вернулся в разоренный город, он застал свой особняк в руинах: мебель и зеркала были разбиты, а бесценная коллекция картин и библиотека с 500 книгами — уничтожены.)
К трем часам пополудни захватчики полностью овладели городом.
Антонио де Сильва, секретарь президента, укрылся на островах в Панамском заливе и позже рассказал о том, что видел и слышал. Согласно его свидетельству, в девять часов утра, после взрыва порохового склада, послышалась стрельба из пушек, аркебузов и мушкетов, не утихавшая до полудня. Кроме того, он видел бой на пляже, где корсары пытались не допустить сожжения лодок и барок. В три часа пополудни Сильва услышал ружейные салюты — сначала два, потом три, потом пять, которые он принял за сигналы, указывавшие на то, что враг полностью овладел городом. Примерно в это же время он наблюдал, как монахи грузились на корабль «Ла Наваль», стоявший на якоре у острова Табога. Многие суда уже успели уйти в море, включая большой галеон «Сан-Фелипе Нери», отчаливший двумя днями ранее (на нем ушел Франсиско Гонсалес Саладо). Сам секретарь спасся на борту судна «Нуэстра Сеньора дель Буэн Сусесо», которое отплыло в четыре часа пополудни. С высокой кормы судна он видел охваченный пожаром город и клубы дыма, застилавшие солнце.
Пока одни флибустьеры рыскали по городу в поисках вина и денег, другие попытались спасти от пожара хотя бы часть зданий — в них могли находиться сокровища, ради которых они отправились в этот поход. Увы, устойчивый восточный бриз, разносивший искры на десятки метров, свел на нет все их усилия.
Ночь флибустьеры провели в окрестностях Панамы, в уцелевших от огня домах и хижинах, а на рассвете вернулись в город — точнее в то, что от него осталось. Раненых доставили в церковь одного из монастырей, вокруг которой установили трофейные пушки.
Тем временем президент Панамы, полностью утратив управление не только войском, но и провинцией, отступил в городок Ната, находившийся в семидесяти милях к юго-западу от Панамы. 25 января (4 февраля по григорианскому календарю) он обнародовал прокламацию: «Все, кто проживает в сим городе Нате и его юрисдикции, будь то солдаты, офицеры или любая иная персона, способная носить оружие, должны немедленно встать на защиту города Ната, принеся свое оружие…»