Пилсудский понимал, что после отказа от предложений Безелера и связанного с присягой кризиса у него практически нет шансов остаться на свободе. В связи с этим возникала проблема руководства ПВО в его отсутствие. Уже в мае 1917 года старый конспиратор приступил к формированию узкой по составу участников и еще более засекреченной, чем Военный союз, политической организации. Как и ПВО и ВС, ее деятельность ограничивалась территорией бывшей русской Польши. В отличие от ВС, наделенного исполнительными функциями, новая структура должна была стать своеобразным штабом Пилсудского, позволяющим влиять на военную, политическую и экономическую сферы. Планировалось, что она будет состоять из двух самостоятельных частей. Одна из них (организация А) должна была объединять близких Пилсудскому политиков из левых партий, относительно состава второй (организации Б) ясности нет. По одним сведениям, ее составили бы готовые с ним сотрудничать представители правых партий, по другим – экономисты, финансисты и предприниматели, которые занялись бы подготовкой к созданию независимого государства. Во главе организации должен был стоять руководящий и координирующий деятельность обеих ее структур коллективный орган – Конвент. Точную цель замысла установить невозможно. Несомненно одно: Пилсудский скорее всего создавал эту организацию с мыслью не только о сегодняшнем дне, в том числе на случай своего ареста, но и о послевоенном будущем. Со своим проектом Пилсудский познакомил ближайшее окружение, но довести задуманное до конца до момента ареста не успел.
Репрессиям подверглись также члены Польской военной организации, а соратники Пилсудского Валерий Славек, Вацлав Енджеевич, Медард Довнарович, Петр Турецкий, Стефан Помараньский и многие другие были арестованы и посажены в Варшавскую цитадель.
Теперь Пилсудского ничего больше не связывало с вчерашними союзниками, он из государственного деятеля превратился в частное, хотя политически и достаточно влиятельное лицо. Продолжая свою линию «мягкого расставания» с союзниками, Пилсудский в середине июля приступил к подготовке Безелеру памятной записки, в которой вновь повторил, что прежний союз возможен только при условии создания польской армии на базе легиона, политически подчиняющейся польским органам власти и возглавляемой поляком. На случай, если его предложение будет проигнорировано, он просил позволить ему разделить судьбу своих солдат, которые, как и он, готовы отдать жизнь и кровь за свой край, но не могут приносить присягу, в которой нет ни слова о польских органах власти. Но вручить документ Безелеру он не успел, поэтому передал его при аресте доктору Эриху Шульце, шефу немецкой тайной полиции в Варшаве[150].
В пять часов утра 22 июля 1917 года немецкая тайная полиция арестовала Пилсудского, а спустя некоторое время и Соснковского. В тот же день они были увезены из Варшавы. Вначале немцы объявили, что причиной ареста явилась его последняя поездка в Краков, объявленная попыткой покинуть Польское королевство по поддельным документам. Но в начале августа от этого обвинения немцы отказались. Второй причиной ареста было названо направление Пилсудским молодых людей в Польскую военную организацию, ставшую в последнее время тайной структурой, деятельность которой враждебна Центральным державам. Такие же мотивы задержания Пилсудского и Соснковского назвал Безелер Временному государственному совету. Юридическим основанием для ареста стало распоряжение, предоставлявшее генералам право применять к иностранным подданным арест, лишение свободы на определенное или неопределенное время, отправку вглубь страны и т. д.
Пройдя через тюрьмы в Данциге, Шпандау и крепости Везель, Пилсудский спустя месяц оказался в Магдебурге. Его содержали на офицерской гауптвахте бастиона Королевы в форте Магдебургской крепости. В его распоряжение были представлены три комнаты на втором этаже двухэтажного деревянного дома, после войны перевезенного в Варшаву и установленного в Бельведерском парке на правах музея. Хозяйством занимался фельдфебель, проживавший на первом этаже. Условия содержания не были излишне суровыми. Пилсудского трактовали как пленного офицера высокого ранга, что обеспечивало ему право пользоваться специальными привилегиями. Кроме того, на личные нужды ему выдавали 250 марок в месяц. Пилсудский сам признавался, что одиночество переносил относительно легко, – по его мнению, он был рожден для тюремной жизни. Тоску он преодолевал с помощью усиленной мыслительной работы. И все же, учитывая деятельный характер будущего маршала, его не могли не тяготить неопределенность судьбы (ему не предъявили никаких обвинений и не судили, а интернирование могло продлиться неопределенно долго) и монотонность существования. К тому же беспокоили мысли о состоянии Александры, которая ждала их первого ребенка. Ей было уже 35 лет (по тем временам почтенный возраст), и он сильно опасался возможных осложнений при родах.