Свой путь Пилсудский начал с отставки с поста референта Военной комиссии. Показательно, что раньше других он известил о своем решении Безелера. Генерал-губернатор, играя на честолюбии Пилсудского, безуспешно пытался уговорить его остаться и участвовать в формировании армии. Взамен германский полководец сулил «далекому от настоящих военных знаний дилетанту и демагогу» захватывающую перспективу стать одним из самых известных военачальников эпохи, славу и почет, о которых тот и не мечтал, но при этом не обещал переподчинить Польский вермахт полякам. Пилсудский, несомненно, не чуждый громкой воинской славе, человек с большими амбициями, тем не менее решительно отказался от заманчивых посулов. Он больше не верил в возможность договориться с немцами на своих условиях.
2 июля на заседании ВГС бригадир заявил о своей отставке с поста референта Военной комиссии, а также попросил вычеркнуть его фамилию из платежной ведомости за прошедший месяц, поскольку о своем уходе с поста референта Военной комиссии он якобы объявил еще в начале июня 1917 года[148]. Главной причиной отставки он назвал нежелание немцев, на сотрудничество с которыми он пошел из патриотических, а не политических соображений, дать согласие на создание самостоятельной польской армии. Такое объяснение позволяло достичь нескольких целей одновременно. Во-первых, заявив, что в состав Временного госсовета он вошел «не ради политической службы», бригадир тем самым отделил себя от сторонников решения вопроса о судьбе Царства Польского с помощью Центральных держав. Во-вторых, подчеркнув (и это полностью соответствовало истине), что все его действия периода войны диктовались исключительно желанием создать подлинно самостоятельную национальную армию для борьбы за независимость Царства Польского, он тем самым оправдывал не только свои действия, но и всех, кто последовал его призыву и примеру. В-третьих, назвав свой поступок «единственной службой, которой он может послужить братьям в польской армии, последним предупреждением тем, которых следует предостеречь», он еще раз сказал легионерам, что, даже несмотря на отставку с должности командира бригады, он всегда думает и заботится о них. Но самый главный вывод, который можно было сделать из выступления Пилсудского, сводился к тому, что он все делал правильно, и если его планы не осуществились, то только по вине австрийцев и немцев[149]. Вряд ли стоит осуждать его за отсутствие самокритики, особенно если исходить из того, что его речь служила будущему, а не расчетам с прошлым. Главный комендант вовсе не собирался покидать политическую сцену, а только намеревался сменить площадку.
Совершенно очевидно, что уход Пилсудского в отставку был связан с запланированным на 3 июля утверждением ВГС текста военной присяги, которую должны были приносить бывшие российские подданные, вступая в Польский вермахт. Она окончательно перечеркивала надежду на то, что немцы согласятся хотя бы на ограниченное участие польской стороны в делах Польского вермахта, полностью отдавала его в руки Германии. Пилсудский, хорошо знавший содержание присяги, понимал, что голосование за нее равнозначно личному поражению. Изменить ее текст он не мог, голосовать против не имело смысла, потому что большинство членов ВГС были «за».
Бригадир знал, что его призыв отказаться от присяги получит серьезную поддержку у легионеров. Но он, как человек вот уже третий год связанный с армией, знал, что за этим незамедлительно последуют арест и заключение «отказников» в лагеря. Он попытался облегчить участь хотя бы части кандидатов в жертвы репрессий. 7 июля Пилсудский выехал в Краков. Сугубо служебный характер его поездки подчеркивался даже тем, что на этот раз он остановился в гостинице, а не дома. Цель поездки заключалась в том, чтобы добиться согласия на перевод из легиона в Галицию всех австрийских подданных и назначение его их командиром. Однако это его предложение не было принято. Теперь и легионеры, и сам Пилсудский встали перед выбором: подчиниться силе Германии или идти в своем протесте до конца.
9 июля состоялась церемония присяги легионеров из числа бывших подданных России, завершившаяся глубочайшим кризисом легиона. Около 3300 российских подданных, отказавшихся присягнуть, были интернированы и заключены в концентрационные лагеря: офицеры – в Беньяминово, рядовые и унтер-офицеры – в Щиперно. Примерно 3500 австрийских подданных были отправлены в Перемышль, включены в австрийскую армию и отправлены на Итальянский фронт. Но часть легионеров, в том числе почти вся 2-я бригада, не последовала их примеру. Позже, оказавшись на Восточном фронте, эта бригада перешла на русскую сторону. Это был еще один выход, но Главный комендант отказался от него в июне 1917 года.