Едва ли не самой важной акцией, осуществленной Петром III, была секуляризация владений духовенства, поскольку она изменила судьбу около миллиона мужских душ крестьян в лучшую сторону. Между тем автор монографии о Петре III уделил этому вопросу меньше внимания, чем манифесту об упразднении Тайной канцелярии, а главное, не коснулся истории возникновения вопроса, оставляя ещё раз читателя с мыслью о том, что инициатором акции был якобы Петр III.
В отличие от манифеста об освобождении дворянства от обязательной службы, предыстория которого занимает несколько десятилетий, вопрос о секуляризации тлел в борьбе светской власти с духовной в течение двух столетий. Уже в XVI в. светские власти зарились на колоссальные владения монастырей. Смутное время и борьба царя Алексея Михайловича с патриархом Никоном отвлекли светскую власть от покушений на земельную собственность и сидевших на ней крестьян монастырей и епархий, хотя ей все же удалось воспрепятствовать дальнейшему увеличению земельных владений духовных феодалов — в XVI в. мирянам было запрещено жертвовать землю монастырям, церквям и епархиям на помин души.
Лишь Петру I в 1701 г. удалось частично осуществлять секуляризацию: владения духовных феодалов были разделены на две части: доходы одной из них поступали в казну, а другой шли на содержание монашествующих и епархий. Но такой порядок существовал до 1720-х годов, когда по до конца не известным причинам Петр Великий передал все владения духовным феодалам. Формальным основанием для этого послужила жалоба духовенства на то, что приказчики светской доли владений так усердно грабили крестьян, что напрочь разорили их хозяйство.
При Екатерине I секуляризационный процесс вновь приобрел актуальность, однако смерть императрицы и опала Меншикова прервали его. Он возобновился в царствование Анны Иоанновны, когда активный сторонник секуляризации руководитель Монастырского приказа А. И. Мусин-Пушкин в 1739 г. с согласия императрицы подготовил указ о его реализации, но, как это нередко бывает в истории, случайность затормозила процесс: инициатор секуляризации Мусин-Пушкин был причастен к кружку Волынского и оказался в опале, а императрица через несколько месяцев скончалась.
Секуляризация владений духовенства приобрела значение веления времени, но набожная императрица Елизавета Петровна, не желая ссориться с духовенством, решительно заявила: «Только после моей смерти». Между тем монастырское начальство, усвоив мысль о неизбежности секуляризации, непомерными поборами лишало монастырских крестьян возможности воспроизводства своего хозяйства. Полторы сотни тысяч монастырских крестьян находились в неповиновении, отказывались выполнять повинности, чем ускорили осуществление секуляризации. Плод, как говорится, созрел.
Вступившему на престол Петру III, не обремененному православной верой и фактически оставшемуся лютеранином, ничего не стоило 16 февраля 1762 г. подписать именной указ, гласивший: «Как ее величество государыня императрица Елизавета Петровна, соединяя благочестие с пользою отечества и премудро различая вкравшиеся злоупотребления и предубеждения от прямых догматов веры и истинных оснований православные восточные церкви, запотребно нашла монашествующих, яко сего временного жития отрекшихся, освободить от житейских и мирских попечений и вследствие того, присутствуя своею особою в тогдашней конференции, а именно 30 сентября 1757 года, сама такое полезное всему государству о управлении архиерейских и монастырских вотчин узаконение положить изволила, которое одно, независимо от прочих великих ее императорского величества дел и благодеяний своему отечеству достаточно было бы учинить славную ее память бессмертною; но хотя его императорское величество, присутствуя недавно сам в Сенате и повелели помянутое узаконение немедленно и обще с Синодом в действительное исполнение привести, однако же как в рассуждении важности сей материи, так и дабы паки в бесплодных и нерешенных толь справедливо и предусмотрительно делу советованиях и сношениях не тратить напрасно время восхотели его императорское величество через сие точнее Сенату повелеть, чтобы вышеизображенное узаконение императрицы Елизаветы Петровны как наискорее по точному и прямому содержанию без всякого изъятия самым делом в действо произведено и непременно всегда исполняемо было.
За потребно еще его императорское величество находит указ императора Петра Великого о непострижении в монастыре без особливых указов подтвердить чрез сие во всем его содержании и силе». Далее следует перечень мер, связанных с проведением секуляризации: учредить для управления изъятыми вотчинами Коллегию экономии, обязать крестьян платить оброк в размере одного рубля, причем отдать им землю, которую они ранее пахали, доход собирать на монастыри, но расходовать его по штатам. Манифест определял размеры денежного и продовольственного содержания как монахам, так и церковным иерархам и архимандритам.