Спустя более 500 лет после того, как норвежцы попытались обосноваться в Северной Америке, европейцы вновь начали ее исследовать. В 1539 году один из лейтенантов Писарро, Эрнандо де Сото, отправился на поиски новых сокровищ. Он использовал огромные богатства, приобретенные в Перу, для финансирования частной армии из 600 солдат, 200 лошадей и 300 свиней, которая высадилась недалеко от залива Тампа, штат Флорида. В течение следующих нескольких лет они протоптали тропу по территории, которая сейчас является юго-восточной частью Соединенных Штатов, добравшись до Теннесси и, возможно, до Арканзаса. Отряд де Сото столкнулся с представителями миссисипской культуры, самого густонаселенного и высокоорганизованного доколумбового общества в Северной Америке. Альфред Кросби описывает этих людей как "впечатляющих деревенских кузенов" мексиканцев. Конкистадоры заметили, что регион был густо заселен, а на обширных возделанных полях располагались крупные поселения с храмами на вершинах земляных курганов. Но местные жители рассказали им, что людей было гораздо больше, пока годом или двумя ранее на не разразилась эпидемия. Во время своего похода отряд де Сото наткнулся на несколько заброшенных деревень и обнаружил дома, в которых лежали разлагающиеся трупы людей, погибших от моровой язвы. Как и при вторжении в империю инков, патогенные микроорганизмы Старого Света опередили испанцев. Инфекционные заболевания могли попасть по суше из Центральной Америки, прибыть с предыдущими европейскими гостями или быть завезены калусами - коренными американцами, жившими на юго-западном побережье Флориды, которые, как известно, в начале XVI века плавали на каноэ на Кубу для торговли.
В конце весны 1542 года на берегу Миссисипи де Сото умер от лихорадки. Источники расходятся во мнении, где именно он находился - в Арканзасе или Луизиане. Не найдя больших богатств, оставшиеся члены его партии вернулись в Новую Испанию. Когда в конце 1600-х годов французы исследовали районы вокруг реки Миссисипи, большинство крупных поселений и сельскохозяйственных угодий, описанных де Сото, уже исчезли. Дикие бизоны бродили по тем местам, где когда-то были ухоженные кукурузные поля, а большинство общин вернулось к жизни, занимаясь земледелием и промыслом. Миссисипская культура, самое развитое общество в Северной Америке, процветавшее более 500 лет, просто исчезла. Наиболее правдоподобным объяснением является то, что население было уничтожено последовательными волнами инфекционных заболеваний, принесенных европейцами. Будущие конкистадоры де Сото вполне могли занести патогены Старого Света, но, учитывая масштабы разрушений, вполне вероятно, что эпидемии имели несколько источников. Не исключено, что одним из них была английская колония Виргиния, первая, основанная на североамериканском материке в 1607 году.
В том же году английская торговая компания - колония Попхэм - попыталась основать базу на территории современного южного штата Мэн, но отказалась от проекта через четырнадцать месяцев, во многом из-за противодействия многочисленных хорошо вооруженных коренных американцев. Примерно в то же время французы попытались основать поселение вблизи Чатема (Кейп-Код), но оно потерпело неудачу по тем же причинам. И тогда, как ни невероятно, небольшая, разношерстная группа английских сепаратистов, сосланных в Лейден, высадилась в конце 1620 года и сумела основать первое постоянное поселение в Новой Англии. Почему пилигримы добились успеха там, где другие потерпели неудачу? Дело не в том, что они были лучше подготовлены или более многочисленны. Напротив, в период с 1600 1616 по 1619 год по территории Массачусетского залива прокатилась дикая эпидемия, которую, скорее всего, завезли европейские рыбаки или торговцы, промышлявшие там. Некоторые ученые считают, что это была оспа, другие - вирусный гепатит. В любом случае, по оценкам, от этой болезни погибло до 90 процентов населения. Если современные американцы хотят быть исторически точными, то их благодарность в День благодарения должна быть направлена на возбудителей болезней Старого Света, благодаря которым стало возможным поселение колонии Плимут.