В час ночи 25 ноября 2004-го о. Иоанн во весь голос запел в келии Пасхальную стихиру «Воскресение Твоё, Христе Спасе, ангели поют на небесех...». Татьяна Сергеевна, осторожно подойдя к его постели, увидела, что поёт он во сне: «Он начинал пение высоким мальчишеским фальцетом, но не выдерживал до конца и “творяй чудеса” пел уже со старческой хрипотцой, кончая слово “Един” шёпотом. Замолкал на время, во что-то вслушиваясь, и снова начинал своё соло высоко и вдохновенно, пока силы не покидали его. Заканчивал же пение полностью шепотком».
3 апреля 2005-го рано утром Татьяна Сергеевна увидела, что лицо спящего батюшки бледнее обычного. Она, забеспокоившись, взяла шприц с лекарством и тихонько спросила:
— Благословите, могу ли я уколоть вас?
— Нет, подожди, подожди, потом, — быстро ответил он с закрытыми глазами, словно не спал.
— Где вы?
— В церкви.
— У вас пассия?
— Нет, нет, литургия. И я возглавляю.
Иногда после таких небесных служб он некоторое время не мог прийти в себя, вернуться на Землю. Недоумённо смотрел на келейницу и спрашивал:
— Где мы?
— Я в келии отца Иоанна, а вы где? — с улыбкой отвечала вопросом на вопрос Татьяна Сергеевна.
— А я в Царстве Небесном.
«Вид батюшки в такие моменты не допускал сомнений в истинности его слов», — вспоминает Т. С. Смирнова.
Иногда во время ночных видений о. Иоанну явно открывались истины, касаемые всего мира. 26 августа 2003 года ночью он трижды громко воскликнул: «Мир гибнет! Мир гибнет! Мир гибнет!», а затем добавил: «В Мирах Ликийских гибель, и Греция погибла». А 6 сентября того же года в три часа ночи окликнул келейницу и, когда та подошла, сильным голосом произнёс:
— Благословение Господа над Россией, над Святой Православной нашей Церковью, над народом Божиим и над нами. — И благословил на все четыре стороны. А когда утром келейница спросила, какую службу он служил ночью, батюшка бегло ответил «Служил, служил...» и завёл речь о другом.
18 июня 2004-го, когда Татьяна Сергеевна начала будить старца, чтобы начать утреннее молитвенное правило, он устало проговорил:
— Ну что ты, дай мне отдохнуть, я ведь только со службы пришёл. Ночью служил Божественную литургию.
Иногда сознание влекло батюшку в давно минувшее. Так, 18 декабря 2004-го он внезапно обратился к келейнице:
— А мне никуда не надо являться?
— А куда?
— Да в органы, — спокойно пояснил старец. — Как-то Иван Михайлович там поживает?
— Кто такой Иван Михайлович?
— Да Жулидов же, первый следователь, который вёл моё дело.
И батюшка начал рассказывать о своём ровеснике — капитане МТБ, ломавшем ему на допросах пальцы и бившем молотком по голове. А потом неожиданно спросил сам себя:
— Да жив ли он? — И сам же ответил: — Жив, жив, только очень уж старенький.
В эти годы, общаясь с людьми, о. Иоанн иногда неожиданно преображался внешне. Он буквально на глазах становился строгим, торжественным и, передавая ответ вопрошавшему, подчёркнуто твёрдо говорил келейнице: «Иди, скажи: Учитель сказал!» Конечно же, посетители понимали, что под Учителем скромный, никогда не считавший себя старцем батюшка имел в виду никак не себя. В эти моменты ему открывалась Истина, проводником которой в мир выступал он.
Другим ближайшим к батюшке человеком был его помощник игумен (ныне архимандрит) Филарет (Кольцов). Их отношения были похожи на отношения обожавших друг друга отца и сына. О. Филарет мог шутя ущипнуть батюшку, пощекотать его, а о. Иоанн ласково звал помощника «деточкой». Были и другие шутливые прозвища — «Граф» (или «Графчик», «Граф Пупкин»), «Кот в сапогах». Как и в 80-х, и в 90-х, о. Филарет обеспечивал хозяйственную сторону жизни батюшки, помогал во всём, своей энергичностью и чувством юмора придавал старцу сил.
Немногочисленными вопрошавшими, стремившимися в эти годы в келию батюшки, были насельники монастыря — от отца наместника до послушников и трудников. Если раньше, когда его осаждали толпы приезжих, братия могла месяцами видеть о. Иоанна разве что на службе — ведь в первую очередь нужно было помочь приезжим, а «свои зайти ещё успеют», — то теперь иноки навёрстывали упущенное. Заходили в келию № 18 по разным поводам — то занести благословенный хлеб, то взять дароносицу, а то и просто без повода: взглянуть на любимого человека, просто посидеть с ним рядом, ни о чём не спрашивая. Многие из братии говорили потом, что о. Иоанн отвечал даже на те невысказанные вопросы и сомнения, которые накопились в душе находившегося рядом.
Очень редко, но отвечал батюшка и на письма, которые продолжали приходить в монастырь на его имя. Ответы эти ценны тем, что доносят до нас живой голос о. Иоанна тех лет, когда его круг общения был ограничен лишь самыми близкими:
«Вот дожили мы с Вами до блаженной поры, когда нива жизни нашей побелела и полновесный колос её уже клонится к земле. И сердце страшится, но сердце и радуется. Господь близ. <...> Так будем продолжать жить, радуясь за прожитое и пережитое; за то, что жизнь ещё продолжается; и за то, что Заря Вечности уже стучится в неё».