В письмах о. Иоанн ещё не раз возвращался к этой теме, подчёркивая главное — бояться стоит не каких-то цифр, а греха. «Запомни и уясни для себя волю Божию:
Минули годы, и «вопрос ИНН» перестал будоражить людей с такой остротой, как прежде. Конечно, на каждый роток не накинешь платок, но в целом понятно, что «проблема ИНН» оказалась надуманной и мастерски раздутой попыткой внести в церковную жизнь разлад и раскол. О. Иоанн со свойственной ему прозорливостью понял это сразу, и занятая им позиция во многом и помогла разрешить эту проблему. Кстати, о. Нафанаил после его разъяснений переменил взгляд на ИНН и перестал его опасаться.
До сих пор встречаются люди, которые думают, что о. Иоанна «заставили», «принудили» высказаться по теме ИНН «в нужном ключе», а сам он-де думал совсем по-другому. На это можно сказать лишь одно: человека, прошедшего через допросы и лагеря, ни к чему «принудить» было невозможно. Производивший на всех впечатление «доброго дедушки», в принципиальных для него вопросах батюшка был твёрже кремня. И хотя из него не раз пытались «выбить» нужное, он одобрял только то, что по-настоящему одобрял, и никакие авторитеты для него в таких случаях значения не имели.
...Келейная жизнь о. Иоанна отличалась от той, которую он вёл до 1999-го, но ненамного. «Посещение служб сократилось до минимума, — делился он в письме. — Даже и на большие праздники я уже часто не имею возможности бывать в храме, молюсь дома. Приём людей прекратился вообще, отвечаю на вопросы письменно, не входя в личные контакты. Но я не скажу, что жизнь моя опустела. Молитва и моления в уединении обретают новые качества». И в другом письме добавлял: «Сил на активное житие теперь у меня уже нет, но зато появилась тишина келии. И очень это дорого. А то я ведь всю жизнь и до монастыря, и в монастыре жил на “ярмарке” человеческой, а вот сейчас Господь даёт возможность иного делания, иного настроения».
Под «новыми качествами», «иным деланием» батюшка наверняка имел в виду два видения, которых он сподобился два дня подряд, 22 и 23 декабря 1999-го. С кем именно он общался, осталось тайной, но сказанное ему тогда о. Иоанн тщательно записал, пометив день и час произошедшего: «Стой и смотри, что Я допустил для вашего вразумления без внезапной кончины людей. Виновных не ищите, виновных не ищите! Молитесь! Будьте в жизни всегда и во всём осторожны». Записи в точности повторяли друг друга, совпадало даже время видения — 11.45., разнились только дни — 22 и 23 декабря.
Начиная с 2000-го келейница старца Татьяна Сергеевна Смирнова вела для себя краткие заметки, фиксируя сделанные батюшкой высказывания и его поступки. Это было связано с тем, что у о. Иоанна появилась жизнь не только дневная, но и ночная — небесная. Если днём он пребывал на покое в келии, то ночью, во сне, находился в иных мирах, неся послушание седмичного священника. Ночь за ночью Татьяна Смирнова слышала, как старец исповедует, служит литургию, принимает людей...
Утром 29 декабря 2000 года он рассказал келейнице, что ночью служил Пасхальную службу и был свидетелем неземной благодати, когда ликовало всё: небо, земля, все, кто присутствовал на этой службе.
— Радость-то какая, радость-то! Христос Воскресе! — восклицал батюшка, и лицо его светилось от счастья.
И с этого дня первыми словами, которые он произносил после пробуждения, были «Христос Воскресе!».
В половине четвёртого утра 11 июня 2004-го келейница услышала, как о. Иоанн во сне беседует с каким-то священником, называя его отцом Михаилом. Разговаривал он бодрым голосом, звучавшим так, как десять лет назад. Когда разговор закончился, Татьяна Сергеевна подошла к постели старца. Проснувшись, он взволнованно произнёс: «А матушка-то, матушка где? Позови её». Пришлось сказать, что матушка уже ушла с отцом Михаилом. «А я ей даже полслова не сказал», — огорчился старец.