Послушанием о. Иоанна стала череда седмичного священника. Так называется очерёдность служения, когда один иеромонах служит утренние и вечерние службы, другой совершает отпевания, панихиды и молебны, третий — исповедует, и т. п. Неделя служб, потом неделя исповедей, неделя молебнов, неделя панихид... Н. Самойлова, впервые увидевшая о. Иоанна летом 1968 года, вспоминает: «Батюшка очень ревностно относился к богослужению. Даже если не служил, всё равно находился в храме. Только болезнь заставляла его изменить это правило. Вспоминаю, как отец Иоанн читал каноны на вечернем богослужении. Голос его звучал громко и отчётливо, батюшка в каждое слово вкладывал свою душу и сердце». А наместник Свято-Успенского Псково-Печерского монастыря в 1995—2018 годах архимандрит Тихон (Секретарёв) писал: «Старец отец Иоанн очень любил священнодействовать Божественную литургию, которую служил, пока были силы. <...> Он проникался Духом Святым при службе, чувствовал стихию души в Богослужении подобно святому праведному Иоанну Кронштадтскому. В чём это проявлялось? Много старцев служило Литургию, и мы, молодые священноиноки, им сослужили. До пяти пар было в Успенском соборе на ранней Божественной литургии, и мы видели, как служат отец Серафим, отец Иероним, схиигумен Савва, отец Александр и многие другие, возглавляя Литургию. Но среди всех перечисленных старцев отец Иоанн выделялся необыкновенной собранностью во время Литургии». И одновременно, по свидетельству митрополита Тихона (Шевкунова), «необыкновенная собранность» о. Иоанна сочеталась с живостью: «На “часах” перед Литургией он мог ещё “пошептаться” с приезжим священником, давая ему советы, какое-то письмо или исповедь прочитать».
О. протоиерей Олег Тэор так вспоминает общую исповедь о. Иоанна на первой неделе Великого поста 1968 года: «Исповедников было немного, не больше десяти человек. Отец Иоанн исповедовал общей исповедью с объяснением каждого греха против десяти Заповедей и заповедей блаженств. Это было в Сретенском храме. Общая исповедь прерывалась благоговейным участием в богослужении — коленопреклонениями во время молитвы преподобного Ефрема Сирина и внимательным чтением Евангелия. Отец Иоанн говорил очень долго, но его хотелось слушать и слушать, душа оживала, становились понятными причины греха». Жительница села Троица, навещавшая о. Иоанна в обители в 1970-х, вспоминает, что на исповеди «он всех будил, встряхивал: “Кайтесь! Я вот называю грехи, а вы в душе говорите, если согрешили: Господи, прости, это во мне есть!”».
Все насельники монастыря быстро отметили внимательное отношение батюшки к облачению. Седмичному священнику бережливый монастырский ризничий о. Серафим выдавал уже поношенные одеяния, и о. Иоанна это огорчало. Желая его порадовать, молодые иноки тайком подменяли старое облачение на новое. Однажды в отсутствие о. Серафима о. Иоанн лично замерил портновским сантиметром ветхое облачение на престоле Антониевского придела Успенского собора, сделал заказ печорским портнихам, и они сшили новое облачение, которым опять-таки тайно заменили старое.
Службы требовалось совершать далеко не только в самом монастыре. Под покровительством Псково-Печерской обители находилось множество сельских приходов Псковской епархии, многие из которых были «умирающими». Так что в некотором смысле о. Иоанну пришлось сразу же после поступления в монастырь вернуться к привычной круговерти сельского батюшки. Так, только в течение одного 1976 года его командировали на соборное служение в Варваринский храм в Печорах, Дмитриевский и Варлаамовский храмы Пскова, Никольский собор Старого Изборска, Никольские храмы сел Виделебье, Щемерицы и Финева Гора, Георгиевский храм села Палицы, Успенский храм села Аксёнова Гора, Ильинский храм села Даличино. Так что не раз и не два он вспоминал слова ангела из своего сонного видения: «Всю жизнь будешь мотаться».
Каждый такой выезд на приход превращался в целое приключение. Всё нужное для службы о. Иоанн брал с собой, покупал цветы к праздничной иконе и подарки певчим. А потом трясся разбитыми псковскими дорогами — если повезёт, на попутном ГАЗе-51 или ЗИЛе-130, а нет, так на телеге или санях, а нет, так и пешком, увязая в грязи или снегу. Однажды с прихода его вывезли под видом... мешка картошки. Ливень лил такой, что никакой транспорт по превратившейся в кисель дороге не прошёл бы. Единственным вариантом был трактор, но сельский тракторист-комсомолец боялся, что ему может нагореть за «пособничество попам». Наконец, нашли выход: нахлобучили на о. Иоанна мешок из-под картошки, в котором проделали отверстия для глаз и носа, и поехали. Так, конспиративно, и выбрались из села.