Вместе с о. Иоанном приехали поднимать лавру из руин иеромонах о. Иоанн (Вендланд, 1909–1989, в будущем митрополит Ярославский и Ростовский), о. иеродиакон Александр (Хархаров, 1921–2005, в будущем архиепископ Ярославский и Ростовский Михей), архимандрит Нектарий (Григорьев, 1902–1969, в будущем митрополит Кишиневский и Молдавский). Пономарем в Успенском соборе стал иподиакон архимандрита Гурия Игорь Мальцев (1925–2000), впоследствии известный и любимый в Саратове и Ярославле священник.
В лавре о. Иоанна назначили ризничим — ответственным за место, где хранятся богослужебные облачения и церковная утварь. Жить в лавре было еще негде, приходилось ежедневно ехать в Загорск утренней электричкой и вечерней возвращаться в Москву. Но и без того обычно быстрый на ногу новоиспеченный ризничий летал по лавре как на крыльях. Всё вокруг вдохновляло и радовало — начиная с самого факта возвращения лавры верующим (хотя вернули-то только один собор и две комнаты в корпусе у Святых ворот, где разместились кухня и трапезная) и заканчивая тем, что близился желанный постриг. Среди многочисленных поручений, которые пришлось выполнять о. Иоанну тем летом, было и необычное — его благословили сопровождать мощи Виленских мучеников Антония, Иоанна и Евстафия из Москвы в Вильнюс. Мощи были вывезены из Вильны митрополитом Тихоном, будущим Патриархом, в 1915-м, во время приближения к городу германцев. В 1920-м в Москве прошел издевательский судебный «процесс виленских угодников», на котором был вынесен вердикт: «Так называемые мощи виленских угодников, а в действительности мумифицированные трупы, передать в музей древности». И вот теперь из Московского музея атеистической пропаганды они возвращались в Виленский Свято-Духов монастырь. Батюшка благоговейно и радостно готовил раку для мощей, облачал их. 26 июля 1946 года самолет, на котором летел о. Иоанн, благополучно приземлился в Вильнюсе. Это было первое, но далеко не последнее в жизни батюшки воздушное путешествие… День обретения мощей святых Антония, Иоанна и Евстафия ежегодно торжественно отмечается в древней обители, расположенной в самом центре Вильнюса.
Архимандрит Гурий не мог не нарадоваться на деятельного ризничего. Он даже назвал имя, которым будет наречен новый постриженник — Сергий. (Вообще это было нарушение правил, монах узнаёт свое новое имя только при постриге.) И видел в нем первого инока, который примет постриг в возрождающейся лавре… Но человек предполагает, а Бог располагает. На праздник Успения Пресвятой Богородицы, в конце августа 1946-го, после четырехмесячного пребывания в лавре, о. Иоанна неожиданно отозвали обратно в Москву, на тот же самый измайловский приход. Постриг не состоялся.
Сам о. Иоанн не оставил воспоминаний о том, что довелось ему пережить в те дни. Но нет сомнений, что терзания и скорби были отпущены ему сполна. Душа бунтовала. Ведь ее подвели к желанному, показали, поманили, пообещали… и бросили. Из строгого монастырского уклада нужно было вернуться в нервную, хлопотную атмосферу окраинного московского прихода. Лишь неустанные молитвы помогли вновь обрести себя. Не время — значит, не время, на всё воля Божия. И со временем тяжесть, которая легла на душу, истончилась, а там и исчезла без следа, оставив теплые, задушевные воспоминания о нескольких месяцах, проведенных в лавре.
Снова началась уже привычная приходская жизнь в Измайлове. Снова без устали он славил имя Господне и нес с алтаря Его слово исстрадавшимся, отчаявшимся людям… И по загруженности своей не замечал, как незаметно росло и без того немалое число прихожан, как из уст в уста передавалась по Москве молва о невысоком батюшке в очках, который не ходит, а будто летает над землей.