На самом деле Уоллесу обычно очень хорошо удавалось завоевать доверие незнакомцев. Он позволял им пощупать свои очки с толстыми стеклами и однажды на Бакане, когда какие-то зеваки заинтересовались его карманным увеличительным стеклом, закрепил устройство в куске дерева, чтобы зафиксировать фокусное расстояние, и вручил инструмент интересующимся, вместе с жучком как объектом исследования, — для ознакомления с принципом работы. «Их удивлению не было предела. Кто-то сказал, что жук на самом деле метровой длины; другие просто перепугались и в конце концов выронили стекло». Уоллес не сильно расстраивался, когда оказывался объектом надувательства со стороны местных ловкачей, к Он заплатил втридорога рыбаку с острова Ару за двух морских улиток, которых хотел съесть, чтобы понять, какие они на вкус. Рыбак принял оплату в виде пачек табака и, увидев, сколько ему переплатили, не смог скрыть довольной улыбки. Он показал большую пригоршню табака своим товарищам и «ухмылялся, гримасничал и тихонько посмеивался, так что его чувства были вполне понятны». Уоллес не обиделся. Он расценил этот эпизод как еще один пример различий между более экспрессивными «папуасами» Островов пряностей и спокойными, сдержанными малайцами.
Это антропологическое наблюдение подкрепило его идею о том, что линии, разделяющие зоны влияния природного мира Азии и Австралии, проходят по архипелагу с севера на юг. Что касается населения, Уоллес провел разделительную линию между островами Флорес и Сумбава на юге, через Моллукский архипелаг и далее к востоку Филиппин. С одной стороны обитали малайцы, прибывшие сюда из Азии; с другой — папуасы с востока. Они сильно различались, как утверждал Уоллес, по своему внешнему виду и по культуре. Уоллес предположил, что аналогичный водораздел существует чуть дальше к западу и разделяет наземных животных, птиц и насекомых австралийского и азиатского происхождения. Конечно, частенько эти зоны перекрывались, и виды, принадлежащие одной зоне, перемешивались с видами из другой зоны; больше всего вопросов возникало в связи с островом Сулавеси. К какой зоологической зоне принадлежал этот странной формы остров: к азиатской или австралийской? Уоллес никогда не стремился к излишней категоричности и был склонен считать Сулавеси промежуточной территорией между двумя зонами. Его концепция вскоре оформилась с такой степенью точности, на какую он никогда не претендовал: она стала называться «линией Уоллеса», и любимым занятием многих поколений биологов сделалось уточнение этого теоретического разделения и передвижение граничной линии по мере поступления новых данных. Утратив свои позиции в начале XX столетия, теория Уоллеса о разграничении зон снова получила подтверждение в 1950-х годах, когда новые исследования расположения тектонических плит показали, что линия Уоллеса приблизительно совпадает с основной геологической границей между двумя участками земной коры. Сегодня линия Уоллеса по-прежнему используется как очень удобная при изучении мест обитания животных, хотя за прошедшее время она была скорректирована с учетом того, что геология и зоология Сулавеси и соседних островов гораздо более сложна, чем кажется на первый взгляд, и связана с Филиппинами. Пока эта загадка не имеет ответа, большинство ученых предпочитают думать о центральной зоне как о некоей промежуточной территории и в честь первого исследователя называют ее Уоллесеей.
Покидая Англию, Уоллес не был большим приверженцем христианской религии и по возвращении не изменился. В письме своему зятю-фотографу он вспоминал о своей юности, когда провел полтора года в семье священника и «почти каждый четверг слушал речи самого лучшего, самого серьезного и самого впечатляющего проповедника, с которым меня сводила судьба, но никакого воздействия на мое сознание это не оказало. С тех пор я много путешествовал и встречался с представителями разных народов и разных религий; я изучал людей и природу во всех аспектах и искал истину. В своем одиночестве я размышлял о таких загадочных вещах, как пространство, вечность, жизнь и смёрть. Я думаю, что многое узнал и многое проанализировал, взвесил доводы за и против, но остался при своем — я совершенно не верю в большую часть из того, что Вы считаете самыми непреложными святынями». По его словам, он «благодарен за то, что может видеть многое, достойное восхищения, во всех религиях».
Поэтому странно, что в своем описании Индонезии он практически не упоминал о распространенных там анимистических религиях, которые в определенном отношении напоминали его собственные взгляды. Большинство туземцев на островах, лежащих на окраинах архипелага, верили в духов и практиковали культ предков. Аборигены Серама, например, считались могущественными магами, способными входить в контакт с духами; на Амбоне полагали, что они могут летать по воздуху и разговаривать с умершими предками. Ко времени написания своей книги Уоллес также стал верить в возможность общения с душами умерших людей — он сделался ярым спиритом.