В научной своей деятельности Омар Хайям искал аргументы, подкрепляющие его рационализм математика, астронома, врача. В молодости он убеждал самого себя, что недостатки рационального мышления определяются нехваткой конкретных знаний, отсутствием экспериментальной базы, неадекватностью существующих методов и методик. В ходе своей дальнейшей работы ученого, а также во время дискуссий со своими интеллектуальными и идеологическими противниками и в результате каждодневных наблюдений он начал осознавать, что проблемы лежат гораздо глубже, нежели он предполагал.
Рационализм логического, естественно-научного мышления оказался объективно пронизан глубокими противоречиями: отчужденность субъекта мышления от его метода (что, кстати, по мнению Хайяма, суфизм преодолевал); отчужденность метода от моральной сферы жизнедеятельности человека (ведь логика может быть использована и во имя добра, и во имя зла; причем зло может быть названо добром, а добро — злом, и логика это может обосновать); отчужденность метода от реальной сложности объекта (чтобы действительно рационально исследовать нечто, нужно заведомо ограничить объект); отчужденность метода от предельных проблем человечества (например, в соответствии со своими же критериями последовательное научное мышление никогда не может ответить на конечные, предельные смыслообразующие вопросы: кто мы? зачем мы? откуда мы? куда мы идем?).
Еще в 70-е и 80-е годы Хайям стремился найти ответы на эти вопросы. Он перечитывал труды Абу Али ибн Сины, Пифагора, Аристотеля, Плотина, Платона, египетских гностиков. Ночи просиживал над трудами суфийских мудрецов и работами по эзотерическому учению исмаилитов.
И тем не менее, пусть с определенными оговорками, рационализм оставался основой его мышления и мироощущения. Но когда страна пребывала в состоянии тяжелейшего кризиса и народ оказался под прессом опустошающей междоусобицы, когда и социальные институты, обеспечивавшие какой-то минимум рациональности общественной жизни, стали рушиться, наступил перелом в сознании Омара Хайяма. Невежество, несправедливость, подлость перешли в наступление.
Тяжкие сомнения в значимости своего пути терзают Омара Хайяма. Иногда ему кажется, что невзгоды в его жизни и постоянная неуспокаивающаяся боль в душе — это доказательство того, что он не прав, грешен. «Может быть, это одновременно свидетельство правоты факихов, — порой думал Хайям. — Может быть, действительно я еретик, не понимающий и не повинующийся нияту (намерению) Аллаха? Я все время стремился по-своему видеть и постигать мир, но он сложнее, чем мне кажется. А может быть, он гораздо проще…»
Именно в этот период Омар Хайям впервые совершает хадж в Мекку. Это был естественный поступок правоверного мусульманина или лицемерный шаг человека отчаявшегося, сокрушенного обстоятельствами? Хайяму требовалось время, чтобы выйти йз того внутреннего духовного кризиса, в котором он оказался, но в то же время сохранить свою внутреннюю целостность, не изменить самому себе. Постоянная неудовлетворенность собой, своей жизнью, результатами своего труда, усугубленная глубочайшим неверием и ядовитым скепсисом, толкала к тому таинственному огню, в котором можно либо сгореть, либо вновь возродиться.