1-го августа 1589 г. Михаил Рогоза был посвящен в чин митрополита в Виленском Пречистенском соборе самим патриархом Иеремией II. Какая ирония судьбы! Там, в Москве, Иеремия с большой неохотой едва-едва согласился поставить митр. Иова в чин патриарха, а здесь возглавил русскую церковь с легкостью ставленником иезуитов и отступником от православия. Пример человеческого неведения. Однако, по настоянию мирян-братчиков патриарх не оказал своему официальному ставленнику в митрополиты полного доверия. Он поставил Михаила Рогозу под некоторый явный контроль двух других епископов, опять-таки не проникая в тайны их сердца, где таились тоже соблазны унии. Будущего активного творца унии, Луцкого епископа Кирилла Терлецкого, патриарх облек почетным званием своего экзарха. A Владимирского епископа Мелетия Хребтовича назвал своим прототронием. Несомненно тут сыграли роль и дополнительные денежные дары патриарху, за которыми он и приехал к русским варварам. Митр. Михаил не мог не чувствовать в этих титуляциях обидного к нему недоверия.
Но главное, что раздражало русских епископов — это систематическая поддержка против них мирян в лице братств. Так, например, Львовский епископ Гедеон Болобан, старейший по хиротонии среди других, получил свою кафедру по наследству от отца и считал ее, как церковный шляхтич, просто своей магнатской собственностью. С этим сознанием землевладельца помещика он и боролся с Львовским братством за обладание монастырями Онуфриевским и Уневским. A патриарх все-таки утвердил над ними право патроната за братством. И уже пред самым отъездом из Западной Руси, 13-го ноября 1589 г. даровал новую грамоту Львовскому братству, в которой все данные последнему привилегии ограждались анафемой, явно метившей в епископа Гедеона. Пробовал Гедеон перед патриархом интриговать против почтенного титулом экзарха Кирилла Терлецкого, но не имел в том успеха. Все это лично взбесило Гедеона до истерии, и он, даже неожиданно для себя самого, психологически кинулся в сторону унии. Он нанес визит Львовскому римо-католическому епископу Яну Димитрию Соликовскому, с которым был в конфликте. Падал ему в ноги и просил избавить от зависимости от КПльского патриарха. За это его униатские историки называют «принципалом отступления от патриархата». Это был для Гедеона порыв безумия, но он характерен для самочувствия русских архиереев под польской короной.
Несмотря на все недосмотры в действиях патриарха Иеремии, его интервенция в дела церковные пробудила местный епископат. Заставила его подтянуться перед ободренными патриархом мирянами. Нужно было восстановить правильный контакт епископов между собой, разрядить мирянскую оппозицию путем правильного ее участия в делах церковных. Все это логически вело к воскрешению и оживлению практики соборности, заброшенной от начала XVI в. со времени митр. Иосифа II Солтана. Михаил Рогоза начал созывать ежегодные соборы в Бресте в июне, после Троицы. Собранный в 1590 г. 20-го июня собор в Бресте, по примеру всех прежних русских соборов, не ограничивался в своем составе епископами, но включал в себя и архимандритов, игуменов, протопопов и крылошан. И даже постановил, чтобы на будущих соборах присутствовали «все архимандриты, игумены, протопопы и иные пресвитеры, сведущие в Священном Писании». За неприбытие грозило даже лишение сана. На соборе 1590 г. присутствовали даже «многие знатные светские чины» и во главе их «пан Адам Потей, каштелян Брестский». Следовательно, по древнерусскому обычаю на соборе присутствовали, насколько это нужно для хода и разъяснения дел, и миряне. В постановлениях этого собора признано, что гонение на православие и всякого рода отягощение и бесправие в значительной мере зависят от беспорядков, укоренившихся в быте русской православной церкви. Нужно их осознать и исправиться.
«В духовенстве великие нестроения и между некоторыми нашими христианами разврат, несогласия, непослушание, бесчинства — от него во многих местах уменьшение хвалы Божией». Чтобы исправить все это, надо позаботиться «о школах, о науках, о госпиталях и иных добрых справах». Постановлено для приведения дел в порядок: 1) Ежегодно сьезжаться на собор в Бресте 24-го июня. 2) Не явившийся на собор епископ обязан уплатить 50 коп грошей литовских в кружку на общецерковные надобности. 3) Если епископ станет оправдываться болезнью, то обязан на ближайшем соборе подтвердить действительность своей болезни присягой прежде, чем занять свое место в соборе. 4) Если и на другой год не приедет на собор и не подтвердит присягой особых причин своего отсутствия, то без всякого милосердия он будет лишен своей кафедры. 5) Каждый владыка должен иметь с собой на соборе всех своих архимандритов, игуменов, протопопов и священников в Письме Божием наученных. Кто из них не явится на собор, немедленно лишается своего сана.