Спустя год в 1589 г. Иеремия II, учредив в Москве патриаршество, возвращался снова через Литву и прибыл в Вильну. Как раз в этот момент здесь был молодой новоизбранный король Сигизмунд III (1587-1631 гг.). Он проезжал в Ревель на свидание с его отцом, королем Швеции. Православные, голосу которых Сигизмунд был обязан избранием на королевство, направили Иеремию к королю для формального испрашивания на право полного пастырского обозрения своей Киевской митрополии, и король дал такое разрешение особым королевским универсалом. Король с особой готовностью признал благовременной эту манифестацию греческой церковной власти здесь в Польше, чтобы оградить местную православную церковь от всяких претензий на возглавление ее патриаршей Москвой. Нужно было в этом иметь на своей стороне и греческую церковную власть. Автономия Киевской митрополии держалась на основе разрыва греков с Москвой. Теперь, с учреждением патриаршества, установился нормальный канонический мир между Москвой и КПлем. И мог возникнуть вопрос о каноническом воссоединении разделенной русской церкви.
Был и еще мотив — ухаживать за патриархом. Это — планы унии. Мы видели, что Бернард Мациевский с Адамом Потеем считали приезд патриарха шансом исключительно важным для открытия вопроса об унии. Их гадания через Скаргу, который был у короля придворным проповедником, могли быть прямо переданы Сигизмунду. Уния мыслилась и в широком варианте со всей Восточной церковью.
Милостивое отношение короля к патриарху использовано православными и для формального укрепления авторитета братств. Устав Виленского Троицкого братства, утвержденный митрополитом еще в 1584 г. и патр. Иеремией в прошлом 1588 г., вновь был поднесен на утверждение самого короля. Это утверждение вскоре дало силу братству в его борьбе с наступавшей унией. Король, конечно, знал, что эта милость с его стороны обоюдоострая. Содействовал король патриарху и в другом решительном акте: в смене митр. Онисифора.
Митрополит Михаил Рогоза (1589 — 1596 гг.)
Сговорившись с православными мирянами и братчиками, патриарх решил канонически «почистить» упадочный состав иерархии и духовенства. Так как сам митр. Онисифор был вдовец по второй жене, то справедливость требовала применить строгость канонов, прежде всего, к нему, хотя он был человек недурной; он покорно ушел в монастырь. Львовское братство впоследствии (в 1600 г.) писало об Онисифоре, что он «намножил» попов-двоеженцев несколько тысяч. Иеремия издал указ ко всем епископам: «Мы слышали от многих благоверных князей, панов и всего христианства и сами своими глазами видели, что у вас двоеженцы и троеженцы литургисают…» «Повелеваем низложить всех таких священников». Епископу Пинском Леонтию патриарх угрожает низвержением из сана за сокрытие священников двоеженцев. Для низложения митр. Онисифора Иеремия издал отдельный акт и под ним потребовал подписи и всех русских епископов.
Надо полагать, что преемник Онисифору выдвинут был как человек, угодный королю и правительству. Это был архим. Минского Вознесенского монастыря, «шляхетне урожонный», Михаил Васильевич Рогоза. Это был характер мягкий, безвольный, ставший, однако, первым митрополитом унии. Не по своей инициативе, а следуя за более решительными характерами.
Были ли известны кому-нибудь мысли Рогозы об унии? Позднее Виленские иезуиты писали ему, что он был проведен в митрополиты волей короля, и они «тем пламеннее желают его расположения, чем большую усматривают в нем склонность к латинской церкви». Велика будет их радость, «когда они увидят счастливое завершение так давно желаемой унии в правление и премудрой деятельности такого великого пастыря». Далее авторы письма льстят Рогозе, как он в случае унии «в качестве примаса Восточной церкви, находящейся в польских владениях, будет заседать в сенате рядом с примасом королевства». Характерен истинно латинский совет Рогозе: «что касается мирян, особенно простого народа, то, как вы до сих пор благоразумно поступали, так и впредь вам нужно, насколько возможно, остерегаться, чтобы не подать им и малейшего повода догадаться о ваших намерениях и целях». Не состоялось ли такое соглашение у Рогозы с иезуитскими кругами, когда он еще был светским «дворным писарем» у воеводы Волынской земли? Тогда понятен и выбор короля на пост митрополита, но тайна осталась не нарушенной до самого конца 1594г., когда уже делалась уния.