События Реформации создали для абсолютизма уникальную возможность отделения самой идеи государства от католической догматики. В период «распыленной» средневековой государственности церковь приобрела черты властного института, зачастую более могущественного, чем государственный аппарат или сам монарх. Любому монарху было просто невозможно укрепить собственную власть, не нарушая церковных постановлений. Вместе с тем, само папство претерпело существенные изменения. Поочередно сменяя друг друга на посту понтифика, представители аристократических родов Медичи, Борджиа, Орсини фактически превратили Святой престол в инструмент международной политики или удовлетворения собственных амбиций. Падение престижа Ватикана отразилось и на облике клира. Кардинал Караффа, один из наиболее ортодоксальных прелатов, в письме Папе Клименту VII в 1532 г. писал: «Не найдется ни одного разбойника, ни одного ландскнехта, который был бы более бесстыден и порочен, чем духовные лица». Начавшийся процесс Реформации дал европейским монархам действенный инструмент для укрепления своих политических позиций. Не последнюю роль в борьбе за освобождение короны от церковной зависимости сыграли труды французских мыслителей Жана Бодена, Пьера де Беллуа и др. Мысль англичанина Генри Брактона: «Король находится под богом, но не под человеком», – стала лозунгом королевской реформации.
В ходе реформации королевские режимы Англии, Дании, Швеции, части германских княжеств получили возможность не только избавиться от опеки Ватикана, но и ослабить политические позиции оппозиционной части дворянства. Присвоив право назначать глав национальных конфессий, корона лишила церковь имущественной независимости, введя церковные уставы (1536 г. – в Англии, 1545 г. – в Дании, 1527 г. – в Швеции). Национальная церковь превращалась в часть государственной структуры. Но самое главное, монархия перехватывала из рук церкви монополию на идеологию. Не случайно, что первые реформационные законы были столь суровы именно к носителям старого мировоззрения. «Шестистатейный статут» 1539 г. в Англии предписывал смертную казнь за соблюдение «римского обычая» вероисповедения. Исполнение реформационного постановления 1530 г. в Дании было возложено на генерала Вальтера Рантцау. По всей стране прокатилась волна преследований и массовых казней священников и монахов. Оставшиеся в живых представители клира быстро «осознали» себя зависимыми от короля, согласившись на замену разнообразных церковных доходов фиксированным государственным содержанием.
Распространение реформационных учений укрепило позиции короны и в странах с устойчивыми традициями католицизма. Болонский конкордат, заключенный в 1516 г. Франциском I, позволил французскому королю назначать епископов (за папой сохранилось право введения в сан, т. е. утверждение предложенных креатур). В Испании была введена «терция» – налог с церковных доходов непосредственно в королевскую казну. В испанских колониях Нового Света к 1523 г. удалось создать систему патроната, и император Карл I получил возможность назначать там епископов. Однако все подобные меры монархи проводили только по специальному согласованию с Ватиканом.
В регионах, где реформационное и контрреформационное движения принимали особенно радикальные, конфликтные формы, государству грозила опасность нарушения территориальной целостности. Лозунги «единый католический мир» и «единый протестантский мир» несли в себе одинаково деструктивный заряд. Английские индепенденты, или французские гугеноты, стремясь создать сеть независимых конгрегаций, по существу создавали внутри стран собственную церковную иерархию, не являющуюся опорой государственного режима. Эту опасность осознавали все монархи. Людовик XIV, например, преследовал реформатов до призыва их духовного лидера Антуана Кура в 1715 г. к союзу с властями. Вместе с тем, только вмешательство папского нунция Роберти не позволило Людовику XIV предпринять ряд мер против сторонников ортодоксального католицизма.