Сама идея созыва восьмого Вселенского Собора была по сути еретической, так как еще на шестом (Трулльском) Вселенском Соборе в 692 году был утвержден состав канонических правил Восточной (Православной) церкви; этот Собор запретил «подделывать, или отвергать, или принимать другие правила, кроме предлежащих (то есть уже принятых)». Седьмой Вселенский Собор восстановил почитание икон, которое пытались искоренить византийские императоры-иконоборцы. Новый Собор, созывавшийся для соединения Греческой (Православной) и Римской (Католической) церквей, был в действительности обусловлен политическими расчетами, а не догматическими и каноническими причинами.
Положение Византийской империи день ото дня становилось все более безнадежным, турки сжимали кольцо вокруг Константинополя. Стремясь добиться от европейских держав военной помощи, император Иоанн VIII пошел на переговоры с Римским папой Евгением IV. В далекой Москве пока молча, но не равнодушно, наблюдали за происходящим. Напутствуя митрополита в дальнюю дорогу, великий князь, как рассказывает летописец, предупредил его: «При наших прародителях и родителях не бывало соединения церковного закона с римлянами, и я не хочу, потому что не принимали мы от греков быть в соединении с римлянами. Мы тебе не повелеваем идти на восьмой собор, да еще в Латинскую землю. Ты же, нас не слушая, хочешь туда идти. Но знай, когда оттуда возвратишься, принеси нам нашу христианскую веру греческого закона, какую приняли наши прародители от грек». Митрополит Исидор дал клятву в том, что будет крепко стоять за православную веру. 5 сентября 1437 года он отправился в Италию. В августе 1438 года русская делегация во главе с Исидором прибыла в Феррару. Однако здесь свирепствовала чума, поэтому в начале 1439 года участники Собора переехали во Флоренцию.
6 июля 1439 года Римский папа Евгений IV и император Иоанн VIII подписали текст унии. Заключив этот церковный союз, греки приняли католический догмат об исхождении Святаго Духа от Отца и Сына (в православном Символе веры сказано, что Святой Дух исходит от Отца: «иже от Отца исходящего»), признали папу Римского главой Церкви. Впервые в истории Византии император преклонил колена перед понтификом и поцеловал ему руку. В обмен на унию Евгений IV обязывался содержать в Константинополе 300 солдат и две галеры, а в случае необходимости выделить дополнительно еще 20 галер (к слову сказать, своих обязательств он не выполнил). Митрополит Исидор был одним из самых активных сторонников унии на Соборе. В награду он получил звание апостолического легата для Литвы, Ливонии, Руси и подведомственных ему мест Польши. На Русь он выехал уже в сане кардинала. Однако в Москву Исидор не спешил. Он отправился в Венецию, а оттуда — через Венгрию в Польшу и Литву (в пути посольство находилось 342 дня)[104]. В итоге митрополит отсутствовал в Москве около четырех лет.
19 марта 1441 года (преподобный Нил, наверное, хорошо запомнил этот день) жители столицы наблюдали необычную картину: в город въезжал русский митрополит, перед которым несли большой латинский «крыж» (в отличие от восьмиконечного православного креста он имел четырехконечную форму). В Успенском соборе Московского Кремля Исидор служил литургию не по обычаю Русской земли, на службе поминал папу Римского, а не патриарха Царьграда. После литургии митрополит зачитал буллу Евгения IV с изложением решений Ферраро-Флорентийского Собора. Митрополит поздравил свою паству с воссоединением Греческой и Римской церквей. В послании папы, вопреки учению Православной церкви, говорилось, что Святой Дух исходит от Отца и Сына, что хлеб «бесквасный» и «квасный» одинаково может претворяться в тело Христово. (Православная литургия совершается только на «квасном», то есть дрожжевом, хлебе; католики служат литургию на «опресноках», то есть «бесквасном» хлебе.) После чтения послания первым опомнился великий князь. Он отказался принять благословение Исидора, назвав его не пастырем, а волком.