По просьбе аспирантов и сотрудников Института генетики АН СССР Вавилов подготовил и прочитал пять двухчасовых обзорных лекций по генетике. Привлек к этому и других ученых, в том числе зарубежных — К. Бриджеса, Г. Мёллера, Д. Костова. Это был акт высокого гражданского мужества. Стенограммы лекций ученого сохранились — это по сути интереснейшие очерки о развитии генетики, насыщенные историческими фактами, экспериментальными данными, убедительными примерами, ссылками на выводы авторитетных ученых.
В конце 1936 года «наверху» приняли решение не проводить в Москве VII Международный генетический конгресс, хотя годом раньше Академия наук СССР официально обратилась в международный комитет по организации конгресса с приглашением провести его в Москве, а Совнарком СССР утвердил состав национального оргкомитета. Ученые разных стран уже сообщили о своем участии в конгрессе, да и сам Николай Иванович серьезно к нему готовился.
Когда президентом ВАСХНИЛ стал Т. Д. Лысенко, то вопрос о проведении в СССР когда-либо этого научного форума вообще отпал. Проведение его перенесли в Эдинбург на более поздний срок.
Николай Иванович Вавилов, конечно, тяжело переживал все эти неожиданные для него и унизительные для страны события. Ведь еще задолго до конгресса ему от профессора Крю пришло такое письмо: «Дорогой профессор Вавилов! Как генеральному секретарю седьмого Международного генетического конгресса мне выпала большая честь известить Вас, что организационный комитет единогласно и при всеобщем одобрении избрал Вас президентом конгресса. Более удачного выбора на этот пост сделано быть не могло… Я считаю, что успех конгресса обеспечен заранее. Во-первых, Ваша президентская речь будет, конечно, сообщением большого интереса и важности. Во-вторых, работа в области генетики в СССР в течение последних двадцати лет оставила настолько глубокий след в науке, что совершенно естественно высший пост на конгрессе предоставить представителю Вашей страны».
Однако в Эдинбург и в сентябре 1939 года Вавилов не приехал. Профессор Крю, открывая конгресс в качестве президента, сказал с нескрываемым огорчением: «Вы пригласили меня играть роль, которую так украсил бы Вавилов. Вы надеваете его мантию на мои, не желающие этого плечи. И если я буду выглядеть неуклюже, то вы не должны забывать: эта мантия сшита для более крупного человека».
Вавилов был вынужден обратиться с письмом к секретарю ЦК ВКП(б) А. А. Андрееву и наркому земледелия СССР И. А. Бенедиктову и по такому поводу: «Во время моего отъезда на Кавказ в научную командировку распоряжением президента Сельскохозяйственной академии акад. Т. Д. Лысенко, подписанным им и ученым секретарем Н. Я. Чмора, постановлено утвердить ученый совет ВИРа в новом составе.
Совет утвержден помимо представления директора, безо всякого согласования с ним, в его отсутствие, что считаю действием, совершенно противоречащим конституции наших научных учреждений. Это тем более странно, что я состою директором Института растениеводства 20 лет, и поэтому обход директора в важнейшем вопросе о составе квалифицированного совета, по меньшей мере, является странным.
Более того, из состава совета института, действовавшего до настоящего времени, распоряжением президента изъяты наиболее крупные работники… по принципу изъятия главным образом лиц, придерживающихся научных воззрений иных, чем Т. Д. Лысенко (далее перечислены фамилии 27 сотрудников)… Это недопустимое сведение счетов путем административного вмешательства с наиболее квалифицированной группой по специальностям генетики, селекции и растениеводства…
Я прошу Вашего срочного вмешательства в это дело, чтобы приостановить угрожающий учреждению развал…»
Обращение это осталось без ответа.
Высшей точкой противостояния, пожалуй, можно назвать конференцию по генетике и селекции, проходившую 7— 14 октября 1939 года в редакции журнала «Под знаменем марксизма». Н. И. Вавилов решил «дать бой облысению науки».
Лысенко выступал с основным докладом «Настоящая генетика — это мичуринское учение», и начинался он так: «Плох будет работник (особенно, когда он занимает в науке руководящее положение), если он не будет отметать неверные, застывшие научные положения, мешающие движению практики и науки вперед. А ведь формальная генетика — менделизм-морганизм — не только тормозит развитие теории, но и мешает такому важному делу для колхозно-совхозной практики, как улучшение сортов растений и пород животных.
Успехи нашей прекрасной практики и советской науки колоссальны и общепризнанны. О них я не буду говорить, так как мне кажется, что настоящее собрание хочет от меня узнать главным образом, почему я не признаю менделизм, почему я не считаю формальную менделевско-моргановскую генетику наукой…
Генетикой советского направления, которую мы ценим и которую развивают десятки тысяч людей науки и практики, является мичуринское учение (а в науке я нескромен, поэтому с гордостью заявляю, что успехи есть немалые), и все труднее становится менделизму-морганизму маскироваться всяческими неправдами под науку…»