До этого журнал был на первый взгляд прибыльным предприятием (например, по конторским книгам в конце 1861 года капитал составил 17 618 рублей 13 копеек, в конце 1862-го остался прежним, в конце 1863 года составлял ту же сумму), однако внимательный анализ бухгалтерии легко обнаруживает, что прибыльность и стабильность были иллюзорными. При рассмотрении состава приходных и расходных статей «успешных» лет видно, что основными активами в это время (за исключением реальных денег, находящихся в кассе) являлись долги журналу, прежде всего долги его сотрудников. Их доля в активах «Современника» огромна. В 1860 году долги только ведущих сотрудников — Добролюбова (2005 рублей), Чернышевского (7098 рублей 4 копейки), Панаева (15 503 рубля 75 копеек) — составляли в совокупности 24 606 рублей 79 копеек. Сам Некрасов был должен журналу 15 338 рублей 94 копейки. Очевидно, что получить эти долги было маловероятно (не говоря уже о том, что долг самого Некрасова своему журналу является своего рода условностью). В руководствах по бухгалтерии обычно для таких долгов рекомендовали выделять особые счета. Ипполит Панаев этого не делал, и эти долги фигурировали в книгах как реальные суммы. При этом на самом журнале были долги, которые нельзя было не выплачивать: типографии и за бумагу, в общей сложности на 9306 рублей 97 копеек, а также по векселям на 6076 рублей 25 копеек. Таким образом, актив в значительной степени состоял из долгов с сомнительной перспективой возврата, пассив — практически полностью из долгов, платить которые было необходимо. Реальный бюджетный дефицит журнала равнялся 26 624 рублям 73 копейкам. Ситуация была даже хуже, чем в 1865 году.
Такое положение сохранилась и в следующем, выглядевшем особенно финансово успешным 1861 году. Опять актив включал заведомо невозвратные долги сотрудников: Добролюбов остался должен (несмотря на списанный огромный дивиденд) 2005 рублей 29 копеек, И. И. Панаев — 22 559 рублей 7 копеек, Чернышевский — 7098 рублей, Некрасов — те же 15 338 рублей 94 копейки; при этом долг типографии составлял 5089 рублей 61 копейку, за бумагу — 5543 рубля 48 копеек, а по векселям — 9590 рублей 72 копейки). То есть совокупный долг самым важным кредиторам увеличился почти на десять тысяч рублей, при этом долги сотрудников, ставшие уже не просто сомнительными, а безнадежными (за смертью двоих из них), выросли больше чем на четыре тысячи. Скрытый дефицит, таким образом, увеличился до 29 052 рублей 63 копеек. Подобная ситуация была и в два последующих относительно благополучных года. В это время в конторских книгах в актив писались не просто «плохие» долги, но долги уже покойных или находившихся в заключении сотрудников. Более того, эти долги продолжали накапливаться (Добролюбова — за счет его братьев, Чернышевского — за счет его супруги, Панаева — за счет его матери). Принятое в 1864 году Ипполитом Панаевым решение наконец-то переписать долги Добролюбова, Чернышевского и Панаева в пассив в качестве потерянных сумм только вывело наружу до тех пор скрытую убыточность предприятия. Списание долгов умершим или находящимся в заключении сотрудникам являлось не благотворительным актом, а естественным шагом, сделанным для выяснения подлинного финансового положения.
Итак, журнал Некрасова был на протяжении всего того периода, который можно проследить благодаря конторским книгам Ипполита Панаева (с 1860 по 1865 год), убыточным, и получаемый доход никогда не покрывал реальные расходы. И это в годы, когда подписка была самой большой (около шести с половиной тысяч экземпляров)! Делали его убыточным не какие-то объективные причины или внешние обстоятельства (он вполне мог приносить стабильную прибыль даже в моменты, когда такие обстоятельства появлялись, как это было в 1862 и 1865 годах), а нерасчетливая финансовая политика самого владельца. Вместо того чтобы постепенно расплачиваться с долгами, он практиковал выдачу сомнительных с экономической точки зрения кредитов. Из кассы журнала постоянно выдавались деньги сотрудникам и авторам вперед, в счет будущих гонораров или просто так. Ни на одной статье расхода Некрасов не экономил — ни на бумаге, ни на типографии, ни на метранпаже и корректоре, не говоря уже об авторских гонорарах. Нельзя сказать, что он был безумно расточительным, но и расчетливым его тоже не назовешь.