Негодование и надежда на возможность решения земельного вопроса вопреки правительству подогревались тем, что само крестьянство казалось обиженным манифестом. Весной 1861 года по стране прокатилась волна крестьянских бунтов, самым известным из которых стало восстание с центром в селе Бездна Спасского уезда Казанской губернии, где крестьянин Антон Петров открыл в Манифесте «подлинную волю» и убеждал односельчан и жителей соседних деревень не подчиняться дворянам и властям, скрывающим правду о царской милости. Безоружные крестьяне, отказавшиеся расходиться и выдать зачинщиков, были разогнаны шестью ружейными залпами карательного отряда свитского генерал-майора графа Антона Степановича Апраксина, при этом было убито около полусотни и ранено 77 человек, а Антон Петров, вышедший, держа царский манифест над головой, схвачен и после короткого суда расстрелян. Были и другие крестьянские бунты, сообщения о которых вызывали негодование против правительства и сочувствие к жертвам, чьи требования представлялись справедливыми, а кровь — невинной. Крестьянские волнения вели за собой студенческие — осенью они прошли в Санкт-Петербургском, Московском и Казанском университетах, приведя к временному закрытию первого из них.
Веря в силу этого общественного подъема, сотрудники «Современника», его постоянные авторы приступили к подпольной работе, имевшей целью побуждение народа к массовым вступлениям и в конечном счете не только справедливое решение земельного вопроса, но и установление социального строя, соответствующего идеалам равенства и справедливости. Основным средством осуществления этих задач стали прокламации, изготовление которых началось сразу после (а возможно, и до) объявления царского манифеста, которые сочинили и напечатали сотрудники журнала — Чернышевский, Михайлов, Владимир Александрович Обручев. Вскоре была создана и подпольная революционная организация «Земля и воля», идейным вдохновителем которой был Чернышевский. Ближайший сотрудник Некрасова, один из руководителей его журнала стал духовным вождем довольно значительного количества молодых людей, идейно подготовленных им и его единомышленниками к вступлению в беспощадную борьбу с правительством (среди них, судя по всему, было немало офицеров, в том числе гвардейских, что придавало этому невидимому и разрозненному «фронту» вполне реальную силу). Так правительство, как ему казалось, предоставившее российскому обществу обширное поле для проведения в жизнь реформ через институт мировых посредников (и такая работа действительно началась и привлекла большое количество образованных людей, считавших своим гражданским долгом вступить в ряды мировых посредников), посеяло бурю, создало возможности для нелегальной деятельности.
Как отнесся к правительственному манифесту Некрасов? Имеется свидетельство Чернышевского, посетившего поэта «в тот день, когда было обнародовано решение дела»: «…я вхожу утром в спальную Некрасова. Он, по обыкновению, пил чай в постели. Он был, разумеется, еще один; кроме меня редко кто приходил так (по его распределению времени) рано. Для того я и приходил в это время, чтобы не было мешающих говорить о журнальных делах. — Итак, я вхожу. Он лежит на подушке головой, забыв о чае, который стоит на столике подле него. Руки лежат вдоль тела. В правой руке тот печатный лист, на котором обнародовано решение крестьянского дела. На лице выражение печали. Глаза потуплены в грудь. При моем входе он встрепенулся, поднялся на постели, стискивая лист, бывший у него в руке, и с волнением проговорил: «Так вот что такое эта «воля». Вот что такое она!» — Он продолжал говорить в таком тоне минуты две. Когда он остановился перевести дух, я сказал: «А вы чего же ждали? Давно было ясно, что будет именно это». — «Нет, этого я не ожидал», — отвечал он и стал говорить, что, разумеется, ничего особенного он не ждал, но такое решение дела далеко превзошло его предположения».
Видимо, в целом этот рассказ достоверен и Некрасов был на стороне народа. Каких-либо оснований сочувствовать помещикам и радоваться сохранению хотя бы части их имущества у него не было. Однако разделял ли Некрасов взгляды своих молодых сотрудников во всей полноте, в том числе их предельный радикализм и бескомпромиссное отрицание правительственной и вообще всякой легальной деятельности?
Некрасов доверял Чернышевскому-теоретику и мыслителю, фактически отдав ему на откуп все публикации научного и философского характера, о чем свидетельствует, в частности, Антонович, познакомившийся с Некрасовым весной 1861 года: «Перейдя к деловому разговору, он стал говорить о том, что о моих серьезных статьях он судить не может, но что Чернышевский их одобряет и он с ним согласен…» Однако считать, что у Некрасова с его сотрудниками было полное совпадение взглядов, не приходится.