Отстраненный от расследования Сергеев был заменен следователем Соколовым, в отличие от Сергеева, убежденным в убийстве всех Романовых. Однако этого убеждения не разделяли военные, которые первыми приехали на место происшествия в июле 1918 года. Не придерживались его также и сотрудники контрразведки: они независимо от судебного следствия вели свое собственное расследование в Перми, после того как войска генерала Пепеляева заняли этот город в декабре 1918 года. Помощник начальника военного контроля А. Кирста вел расследование с января по апрель 1919 года, а затем по приказу генерала Дитерихса и адмирала Колчака ведение следствия по делу об убийстве Романовых было поручено только одному Н. Соколову.
Однако в заключении по делу, опубликованном в 1924 году, Н. Соколов не принимает во внимание выводов следствия, проведенного службой А. Кирсты.
В самом деле работники этих служб обнаружили в Перми следы императорской семьи.
Отметим прежде всего три документа, которые являются лишь косвенными свидетельствами, но в которых затрагивается вопрос о перевозке Романовых и установлении личности тех, кто их сопровождал.
Все три документа были составлены непосредственно в период событий, о которых в них говорится.
Первый документ, обнаруженный Саммерсом и Менгольдом, принадлежит английскому агенту, находившемуся в Екатеринбурге. Два других содержатся в книге, изданной Россом, и являются частью следственного дела, составленного судьей Сергеевым до того, как его отстранили от расследования.
Во всех трех содержится утверждение о перевозе, но неизвестно, кого именно. Во всех трех предполагается, что казнен был только царь со своими приближенными, но не с женой и дочерьми. Сохраняется также первое свидетельство о том, что у них были острижены волосы, чтобы изменить внешность. Готовились ли они все к отъезду? Вспоминается, по свидетельству большевиков, восклицание Николая II: «Так нас никуда не повезут?»
Приведем сначала показание, которое Саммерс и Менгольд обнаружили в английских архивах; оно принадлежит сэру Чарлзу Эллиоту, военному комиссару в Сибири.
«Положение обнаруженных пуль позволяет предположить, что стреляли в жертв, стоящих на коленях, а в некоторых стреляли, когда они лежали на полу… Видимо, они хотели встать на колени перед смертью… Можно предположить, что было пять жертв: царь, доктор Боткин, служанка царицы и двое слуг… Ни один из трупов не был обнаружен, только палец доктора Боткина в шахте…
Второй документ противоречив и неточен. В нем говорится об убийстве только одного царя и о каком-то свидетеле, утверждавшем, что в объявлении о его смерти говорилось совсем не то. Однако в документе ясно указывается, что семью увезли на поезде.