Прослужив в Генеральном штабе восемь лет, 9 августа 1966 года Алексей Иванович ушел в запас по состоянию здоровья. Он всегда активно работал на благо нашей Родины. И после увольнения не прекращалась его кипучая деятельность. Находясь в запасе, Нестеренко принимал активное участие в общественной жизни. Был частым гостем в научно-исследовательских институтах, конструкторских бюро, военных академиях, институтах, школах. Неоднократно посещал Байконур, пропагандировал достижения советской космонавтики, патриотизм и боевые традиции Советской армии. Выступал в прессе. Везде люди относились к нему с уважением, как к патриарху реактивного оружия и космонавтики. Ветераны Байконура избрали его первым председателем Центрального совета ветеранов Байконура. Позже Межрегиональная организация ветеранов Байконура избрала его почетным председателем своего совета. Он был одним из организаторов музея гвардейских минометных частей. Публиковал статьи и очерки в газетах, журналах, сборниках, написал книгу «Огонь ведут “Катюши”», изданную Воениздатом в 1975 году. При этом он еще и выкраивал время для живописи — увлечение всей его жизни. Советский комитет ветеранов войны наградил его за военно-патриотическую работу своим «Памятным знаком» и «Памятной медалью».
В 1968 году поселок Ленинский, выстроенный под руководством Нестеренко у космодрома Байконур, был преобразован в город Ленинск. Тогда же городской совет единогласно присвоил Алексею Ивановичу звание почетного гражданина города.
«РЕШЕНИЕ ИСПОЛКОМА ГОРОДСКОГО СОВЕТА ДЕПУТАТОВ ТРУДЯЩИХСЯ № 122
г. Ленинск 4 ноября 1968 года
О присвоении звания “ПОЧЕТНЫЙ ГРАЖДАНИН ГОРОДА ЛЕНИНСКА” НЕСТЕРЕНКО АЛЕКСЕЮ ИВАНОВИЧУ Исполком Ленинского городского совета депутатов трудящихся, учитывая большие заслуги в деле строительства и развития города Ленинска генерал-лейтенанта артиллерии НЕСТЕРЕНКО АЛЕКСЕЯ ИВАНОВИЧА (бывшего командира войсковой части 2 546 965),
РЕШИЛ:
Присвоить звание “ПОЧЕТНЫЙ ГРАЖДАНИН ГОРОДА ЛЕНИНСКА” НЕСТЕРЕНКО АЛЕКСЕЮ ИВАНОВИЧУ.
Председатель исполкома Ленинского городского совета депутатов трудящихся Ж. УМБЕТОВ
Секретарь исполкома Ленинского городского совета депутатов трудящихся А. ЗИБОРОВА».
В 1972 году состоялась первая конференция ветеранов гвардейских минометных частей. Одним из инициаторов и организаторов конференции был генерал Нестеренко.
В 1973 году в связи с 65-летием Военный совет РВСН направил ему поздравительный адрес: