«Генерал-лейтенант Нестеренко А. И. со дня основания по 1958 год командовал войсковой частью, проводящей ответственные испытания новых видов вооружения. За это время войсковой частью испытан и подготовлен к принятию на вооружение ряд новых образцов специальной техники.
Работая в настоящее время в НТК Генерального штаба, генерал-лейтенант артиллерии Нестеренко А. И. принимает личное участие в координации разработки и испытаний новых образцов военной техники.
За активное непосредственное участие в развитии новой техники объекта “Восток” генерал-лейтенант артиллерии Нестеренко А. И. достоин награждения орденом ТРУДОВОГО КРАСНОГО ЗНАМЕНИ.
Врио Начальника ГУРВО генерал-лейтенант инженерно-технической службы МРЫКИН
18 апреля 1961 г.».
Это была заслуженная награда, хотя прямого участия в запуске космонавта Нестеренко не принимал. Но тоже странная ситуация — к награде Алексея Ивановича представил генерал-лейтенант А. Г. Мрыкин, а не кто-либо из руководства Генерального штаба.
В 1960-е годы военно-научная работа в Вооруженных силах приобрела плановый характер. Задачи военно-научной работы стали закрепляться приказами министра обороны на срок три — пять лет, а порядок и сроки их выполнения определялись долгосрочными и годовыми планами военно-научной работы в Вооруженных силах.
Научно-технический комитет Генерального штаба занимался также формированием основных направлений развития вооружения и военной техники, определявших на 15 лет и на 10 лет программы вооружения, реализующие эти направления и устанавливающие количественный состав вооружения, позволяющий Вооруженным силам эффективно выполнять поставленные боевые задачи. Кроме этого, составлялись пятилетние и годовые планы производства вооружений и военной техники для Вооруженных сил и Научно-технический комитет Генерального штаба никогда не оставался в стороне от этой работы. Как и служба вооружения Министерства обороны, он участвовал в разработке программных документов, обеспечивал тесную связь с Академией наук и высшими школами.
В 1962 году вышел в свет приказ министра обороны СССР № 171 «О задачах военно-исторической работы в войсках» и подготовлена Инструкция по военно-научной работе. Появление этих документов способствовало в течение 1960-х годов развертыванию изданий военно-теоретических трудов по стратегии, оперативному искусству и тактике.
Были разработаны и изданы труды: «Стратегическое развертывание Вооруженных Сил в современной войне», «Стратегический очерк Великой Отечественной войны 1941–1945 гг.», «Советское военное искусство в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.». Кроме того, Научно-техническим комитетом разрабатывались информационные бюллетени по обобщению опыта военно-научной работы в Вооруженных силах, применению в войсках ЭВМ в интересах решения различных актуальных задач. В канун двадцатилетия победы в Великой Отечественной войне генералы и офицеры НТК подготовили ряд крупных военно-теоретических трудов. Особенно большое внимание уделялось работам исторического плана. Были разработаны монографии «Битва за Ленинград», «Разгром немецко-фашистских войск под Москвой», «Ясско-Кишиневские Канны», «Великая битва на Волге». Появление этих работ способствовало овладению командными кадрами новыми формами и способами ведения войны, а также использованию военно-исторической литературы для военно-патриотического воспитания личного состава армии и флота.
Генералы и офицеры Научно-технического комитета работали в составе уставной группы Генерального штаба, разрабатывавшей Наставление по особенностям боевых действий войск в условиях применения атомного оружия, Наставление по ведению армейских операций, проект Полевого устава Вооруженных сил СССР (корпус — дивизия). В 1964 году вышло в свет подготовленное Наставление по полевой службе штабов, единое для штабов объединений, соединений и частей Сухопутных войск, войск ПВО и Военно-воздушных сил.
Во всем этом Алексей Иванович принимал самое активное участие. Но главными для него оставались Ракетные войска, оснащение их самыми современными образцами вооружения и боевой техники.