Не секрет, что главные конструкторы — разработчики ракетных комплексов вели жесткую конкурентную борьбу. В начале 1960-х годов значительно укрепились позиции В. Н. Челомея. За короткий временной период вышло более пятидесяти постановлений правительства о разработке в его конструкторском бюро систем и комплексов вооружения «всех видов Вооруженных Сил страны». Под эти разработки ему передали два из пяти конструкторских бюро Министерства авиационной промышленности (КБ Лавочкина, в котором работал сын Н. С. Хрущева Сергей, и КБ Мясищева), а также крупнейший завод имени Хруничева.
Назначенный начальником Генерального штаба Маршал Советского Союза С. С. Бирюзов поручил Научно-техническому комитету Генерального штаба изучить состояние дел с разработкой в КБ Челомея заданных постановлениями правительства образцов вооружения и представить ему доклад по этому вопросу. Подготовку такого доклада поручили группе НТК Генштаба во главе с Нестеренко. Алексей Иванович отнесся к поручению ответственно. Изучение вопроса показало, что ни одна из заданных разработок в установленные сроки не была выполнена, а большая часть их даже не начиналась. Многие задания не были доведены до коллективов, которые должны были заниматься этими разработками.
После начала работы группы Челомей начал нервничать, отказался от разговора с Нестеренко, а затем, пригласив своего секретаря, приказал срочно вызвать к нему доктора, так как «прибывшие товарищи своим поведением серьезно навредили его здоровью». Несмотря на все уловки Челомея и его команды, начальнику Генерального штаба был представлен объективный доклад. Разразился скандал, потому что до этого времени ряд представлений Министерства обороны и промышленности блокировался в правительстве со ссылкой на то, что подобные разработки ведутся уже в КБ Челомея. Было предложено вопрос о состоянии работ в КБ Челомея вынести для рассмотрения в Совет обороны страны. Однако Челомею удалось избежать неприятного разговора на заседании Совета обороны.
Мало того, ЦК КПСС и Совет министров спустя некоторое время приняли постановление из трех пунктов:
принять предложение генерального конструктора В. Н. Челомея о разработке ракетного комплекса с ракетой УР-100;
работы по комплексу с ракетой Р-37 КБ «Южное» прекратить, а конструкторские разработки, результаты лабораторной и стендовой отработки узлов и агрегатов ракеты Р-37 передать из КБ «Южное» в КБ Челомея;
министерствам авиационной промышленности и обороны в месячный срок представить в ЦК и Совмин план мероприятий, обеспечивающих разработку комплекса с ракетой УР-100 в короткие сроки.
Для спасения положения дел в НТК ГШ было созвано совещание всех главных конструкторов, участников разработки комплекса УР-100, включая и М. К. Янгеля. На совещании принято согласованное совместное решение — сделать все возможное и невозможное для успешной разработки этого комплекса. На совещании с рядом конкретных деловых предложений выступил и генерал-лейтенант А. И. Нестеренко.
Этот этап деятельности Нестеренко хорошо иллюстрируют аттестации, выданные ему Генеральным штабом Вооруженных сил.