Антисоветские же настроения разделяла прежде всего наиболее состоятельная часть немецкого меньшинства, проживавшего в Эстонии. Позже в своей беседе с К. Н. Никитиным председатель Государственного совета Эстонии М. И. Пунга сообщал, что ведущие деятели немецкого меньшинства в Эстонии направили Гитлеру петицию с призывом к оккупации страны.
Надежда на то, что Германия помешает вступлению советских войск в Эстонию, проявлялась и в поведении эстонской дипломатии. Вслед за Маазингом в Берлин был направлен агент эстонской политической полиции барон Юкскюль с тем же поручением — выяснить, как советско-германский договор отразится на судьбе Эстонии. Барона обнадежили, а вскоре в середине сентября 1939 года в Таллин прибыл руководящий работник немецкой разведки доктор Клее. Из бесед с ним ведущих членов правительства Эстонии последним стало ясно, что война Германии с Советским Союзом лишь отложена по стратегическим соображениям, а подготовка к войне будет продолжаться.
24 сентября в Москву прибыл министр иностранных дел Эстонии К. Сельтер для подписания советско-эстонского договора о торговле. В ходе переговоров с Сельтером нарком иностранных дел СССР В. М. Молотов заявил о неудовлетворительном состоянии советско-эстонских отношений, сославшись на побег интернированной польской подводной лодки. Сельтеру был представлен проект договора о взаимопомощи, в соответствии с которым СССР получал возможность размещать на территории Эстонии военно-воздушные, военно-морские базы и сухопутные войска. Делегация Эстонии отказалась подписать договор и покинула Москву.
Как сообщалось в докладной замнаркома внутренних дел СССР Масленникова от 27 сентября, “в прилегающей к СССР пограничной полосе Эстонии, под видом проведения осенних маневров, происходило сосредоточение полевых частей эстонской армии. Граница была усилена. На отдельные кордоны были доставлены станковые пулеметы и установлены орудия в направлении СССР. В районе Усть-Нарова отмечалось передвижение танков. В город Нарву прибыло несколько войсковых подразделений, приведенных в боевую готовность. На начало октября был намечен призыв состава 1909-1916 годов рождения, а приписанных к артиллерийским частям — в возрасте до 40 лет”. В свою очередь, по сведениям эстонских властей, к границам Эстонии было подведено около 160 тысяч советских войск.
Одновременно сразу после предложения Молотова Сельтеру о заключении договора о взаимной помощи эстонское правительство вновь направило своих эмиссаров в Берлин — полковника Маазинга и барона Юкскюля. Вернувшись в Таллин, они сообщили: германское правительство рассматривает размещение советских войск на эстонской территории как временное явление.
Состоялась также беседа директора “ИГ Фарбениндустри” Фрица Меера с Пятсом. Последний позже вспоминал: “В частном разговоре со мной директор не скрывал, что Германия и после заключения договора с Советским Союзом продолжает старую политику по отношению к СССР. В Германии, по его словам, все больше и больше распространяется убеждение, что природные богатства Советского Союза должны быть доступны только ей. В Германии прекрасно понимают, что Россия их добровольно не уступит и придется бороться. Без борьбы не обойтись, и надо ждать и придется бороться. Все руководящие круги Германии это понимают и уже продолжительное время готовятся к борьбе”.
Как утверждал в своих воспоминаниях X. Р. Лессер, бывший адъютант главнокомандующего эстонской армии генерала Лайдонера, в своем письме Пятсу Гитлер заявил, что Германия не будет возражать, если в Эстонии будут размещены советские войска. В то же время Гитлер просил эстонское правительство “потерпеть” до осени 1940 года. Это письмо во многом объясняло последующее поведение Пятса и его окружения. В эти дни Лайдонер заявил: “Если бы была надежда, что откуда-нибудь придет помощь… то мы бы воевали”.
Однако не только отказ Германии, не желавшей в это время идти на ухудшение отношений с СССР, но и широкая оппозиция такому союзу в Эстонии препятствовали подобному повороту. Признавая непопулярность проектов эстонско-советской войны, Лайдонер говорил: “Нетрудно предсказать, каково было бы влияние коммунистической пропаганды в случае развязывания этой войны… Кроме всего прочего, трудно начать войну, когда тебе предлагают договор об оказании помощи”. Эстонский государственный деятель Пийп констатировал: “Народ сейчас не в таком состоянии, чтобы с ним не считаться”. Консультации, которые правительство Пятса провело с правительством Финляндии, окончательно убедили его в необходимости принять советское предложение.
28 сентября 1939 года, в тот же день, когда был подписан советско-германский договор о дружбе и границе, Эстония и СССР подписали договор о взаимной помощи. Как подчеркивал Риббентроп в телеграмме Гитлеру, направленной в тот же день из Москвы, договор не означал “упразднения эстонской системы правления”. Однако на следующий же день Гитлер отдал приказ о перемещении в Германию 86 тысяч немцев, проживавших в Эстонии и Латвии.