Алаш-ордынцы идею национального достоинства понимали совершенно иначе и, быстро убедившись, что с советской властью ни о чем не договоришься, повернулись в сторону Сибирского правительства во главе с адмиралом Колчаком. «Силою штыков, — говорилось в обращении к нему от имени Алаш-Орды, — легко было захватить власть, но погубить дух народа, отнять от него идею, которой он живет, оказалось невозможным». Подпись под этим обращением неразборчива, ясно отпечатано только звание — «Председатель Алаш-Орда». Но по самой манере изложения легко угадать руку Алихана Букейханова. Так он, по природе своей человек середины, человек-строитель, неумолимой волею исторических обстоятельств оказался, вместе со своими последователями, втянут в истребительную междоусобицу. Пришлось ему, как ни ужасно было это сознавать и делать, идти против людей своей крови. Его собственный уполномоченный требует предать военно-полевому суду авторов разосланной по городам и аулам Тургайской области телеграммы, в том числе и казахов, на том основании, что они «стоят на платформе советской власти, призывают народ к спокойствию и работе по устраиванию новой жизни (под новой жизнью здесь подразумевается жизнь, построенная на социалистических началах, согласно декрету народных комиссаров)». Вот это и есть то, что называется кошмаром истории, не желающей считаться с лучшими побуждениями людей. Они собственными руками разрушают то, что даже не начали еще толком строить: общий дом казахов.
Наверняка расчет состоял в том, что белое движение поддержит национальные устремления степи, но это была только иллюзия. Как подспорье в борьбе с большевиками — отчего бы и нет, милости просим. Но признавать автономию Алаша, как на том настаивали казахи, Колчак совершенно не собирался, и указом Временного правительства Сибири от 22 октября 1918 года правительство Алаш-Орда было упразднено.
Печальный парадокс заключается в том, что полтора года спустя тот же указ был фактически продублирован Киргизским (то есть Казахским) ревкомом, к тому времени уже полностью взявшим край под свой контроль. Разница заключалась только в том, что осуществление нового декрета сопровождалось карательными мерами, правда, тогда еще не такими кровожадными, как десять и более лет спустя: людей «всего лишь» высылали. Больше того, революционный энтузиазм иных комиссаров, готовых вершить суд как можно более скорый, вызывал недовольство их же начальников, которым эта кавалерийская атака мешала в проведении правильной политической стратегии. Букейханова и еще несколько алаш-ордынцев особый отдел расквартированной в Семипалатинском крае 59-й дивизии арестовал, но это вызвало резкий окрик председателя ревкома: освободить, по политическим мотивам никого не преследуем. Но в любом случае 5 марта «Военно-революционный комитет по управлению Киргизским краем» постановил: правительство Алаш-Орды ликвидировать, руководителей его «впредь до более прочного устройства Советской власти в Киркрае изолировать от киргизских трудовых масс, все имущество алаш-ордынцев, как завещанное, так и частное, взять на учет».
Так завершилась самая героическая пора жизни этого незаурядного человека. Потом, до середины 20-х годов, была издательская работа в Москве, но радости она не приносила — рутина, стесняющая неисчерпанную еще энергию души, которая никак не могла примириться с утратой красивых иллюзий. В 1927 году Алихан Букейханов возвращается в родные края и словно бы оживает, вновь обращаясь к научным и литературным занятиям, которые некогда давали такую славную пищу уму и сердцу. Но и эта, обещавшая стать светлой и прямой полоса жизни оказалась изломанной. Иные ветры уже поднимались над страной, задувая из центра на окраины. Вскоре Букейханова начинают преследовать, вызывать на допросы, заключать в тюрьмы, выпускать ненадолго и снова возвращать в камеру. А 27 сентября 37-го наступил конец: Алихан Нурмухамед Букейханов был признан руководителем мифической антисоветской организации, действовавшей на территории Казахстана, начиная с 29-го года, судим по 58-й статье и приговорен к высшей мере.