Декарт считает, что сознание начинается после того, как сигнал от внешнего объекта исходит от органов чувств посредством нервной системы, усиливаясь в это время до определенной степени, и в конечном итоге достигает головного мозга. Различная сенсорная информация поступает через парные органы чувств, такие как глаза или уши, но эта информация после определенной обработки воспринимается нами как единое целое. Поэтому сознание также представляется нам единым. Декарт, однако, предполагает, что в мозге должна существовать некая единая область, не разделенная на две части, где мысли должны объединяться воедино. И такой областью он называл шишковидную железу. Внешне шишковидная железа представляет собой вытянутый маленький орган, расположенный перед мозжечком. Она представляет собой эндокринную железу, расположенную между левым и правым полушариями головного мозга, в области среднего мозга, а также она известна как орган, который участвует в формировании биоритмов человека.
Хотя разум связан с телом через сердечную энергию и тепло, при этом разум не является единым целым с сердечным теплом, он сильно зависит от физического состояния органов тела[89]. Кроме того, разум влияет на отдельные части тела или физические движения. Таким образом, в теории сознания Декарта упоминание идеи неделимости души и тела нужно понимать как мысль о тесной связи шишковидной железы с деятельностью человеческого разума[90]. Помимо этого, свободная воля, по мнению Декарта и его дальнейших последователей, зависела от деятельности шишковидной железы, поэтому как понятие она была им незнакома.
Декарт также говорит, что чувства человека превращаются в идеи благодаря деятельности шишковидной железы. Также Декарт считает, что с физиологической точки зрения маленькая железа, расположенная в центре головного мозга, управляется некоей энергией.